CAMK1D 扩增与基底样乳腺癌上皮-间质转化相关（表达）

数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/biostudies-arrayexpress/E-GEOD-12811

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数据说明

标题：CAMK1D扩增与基底样乳腺癌上皮-间质转化相关 摘要：乳腺癌在临床和分子层面均表现出异质性，表达谱研究已鉴定出五种主要分子亚型。基底样亚型表达基底上皮标志物，且雌激素受体（ER）、孕激素受体（PR）和人表皮生长因子受体2（HER2）均为阴性，该亚型与DNA拷贝数变异（CNA）总体水平较高、特定CNAs（如10号染色体短臂增益）及不良预后相关。发现肿瘤亚型的分子遗传学基础可能为治疗提供新机遇。为识别与基底样肿瘤相关的10p驱动癌基因，我们分析了172例乳腺癌的基因组图谱。最小的共同增益区域仅涵盖10p13上的七个基因，其中包括钙/钙调蛋白依赖性蛋白激酶ID（CAMK1D），该基因在细胞内信号传导中发挥作用，但此前未与癌症关联。通过微阵列分析，CAMK1D在扩增时过表达，并且通过免疫组织化学显示，与原位癌相比，其在浸润性癌中表达升高。

在非致瘤性乳腺上皮细胞中工程化过表达CAMK1D导致细胞增殖增加，以及提示上皮-间质转化(EMT)的分子和表型改变，包括细胞间黏附丧失以及细胞迁移和侵袭增加。我们的发现将CAMK1D鉴定为一个与乳腺癌EMT相关的新型扩增癌基因，并作为一个潜在治疗靶点，尤其与临床上不利的基底样肿瘤相关。总体设计：使用来自斯坦福功能基因组学设施的HEEBO寡核苷酸微阵列，对四个CAMK1D或对照转染的MCF10A乳腺上皮细胞系衍生物进行基因表达谱分析，并与通用RNA参考进行比较。基因集富集分析用于鉴定CAMK1D相关基因集。一组

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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