EMT驱动的可变剪接程序在人乳腺癌中发生并调节细胞表型

数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/biostudies-arrayexpress/E-GEOD-30290

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

细胞-细胞连接形成的调控和细胞迁移的调控在EMT（上皮-间质转化）相关可变剪接事件中富集。我们的分析提示，大多数EMT相关可变剪接事件受RBFOX、MBNL、CELF、hnRNP或ESRP类剪接因子中一个或多个成员的调控。EMT可变剪接特征在人乳腺癌细胞系中得到证实，这些细胞系可仅根据其EMT相关剪接模式分为基底型和管腔型亚型。在原发性乳腺癌样本中也观察到EMT相关可变mRNA转录本表达，表明EMT依赖性剪接变化在人类肿瘤中普遍发生。通过在间充质细胞中表达上皮特异性剪接因子ESRP1或敲低RBFOX2，检测了EMT相关可变剪接的功能意义；二者均引起细胞形态和运动性向上皮表型的显著变化，提示仅剪接调控即可驱动EMT相关表型变化的关键方面。此处获得的分子描述可能有助于开发用于分析乳腺癌进展的新诊断和预后标志物。对HMLE/Twist-ER在他莫昔芬诱导EMT前后的转录组进行检测

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。