乳腺癌细胞迁移与侵袭相关miRNA:mRNA相互作用的系统评估 [HuGene-1_0-st]

数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/biostudies-arrayexpress/E-GEOD-40058

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数据说明

在这项研究中，我们通过结合整合的miRNA和mRNA表达谱、生物信息学预测以及功能实验，对与乳腺癌细胞侵袭性相关的功能性miRNA-mRNA相互作用进行了系统性评估。miRNA表达分析发现，与正常和低侵袭性细胞系相比，高侵袭性细胞系中有11个miRNA存在差异表达，包括7个下调的miRNA（miR-200c、miR-205、miR-203、miR-141、miR-34a、miR-183和miR-375）和4个上调的miRNA（miR-146a、miR-138、miR-125b1和miR-100）。在MDA-MB-231细胞中瞬时过表达miR-200c、miR-205和miR-375可抑制细胞迁移和侵袭。对miRNA和mRNA表达的综合分析确定了miR-200c、miR-205和miR-375的35个已知和新型靶基因，包括CFL2、LAMC1、TIMP2、ZEB1、CDH11、PRKCA、PTPRJ、PTPRM、LDHB和SEC23A。令人惊讶的是，这些基因中的大多数（27个基因）是miR-200c的靶基因，表明它在调控乳腺癌细胞侵袭性方面发挥着更重要的作用。

我们表征了miR-200c的一个靶基因CFL2，并证明CFL2在侵袭性乳腺癌细胞系中过表达，并且可以被外源性miR-200c显著下调。组织微阵列分析进一步揭示，原发乳腺癌组织中CFL2的表达与肿瘤分级相关。据我们所知，本研究是首次对侵袭性乳腺癌细胞中功能性miRNA靶基因进行系统筛选。本研究获得的结果可能增进我们对这些候选miRNA及其靶基因与乳腺癌侵袭性关系的理解，并最终有助于识别与预后相关的新型生物标志物。按照制造商指南，对从乳腺癌细胞系提取的RNA进行了Affymetrix Gene 1.0 ST阵列分析，其中

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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