基于MALDI质谱成像的FFPE组织脂质空间组学：DHB基质大鼠脑脂质MSI原始文件

数据集获取

源站：https://doi.org/10.5281/zenodo.21379450

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数据集大小约 24.54 GB。

数据说明

组织样本与实验设计 为进行方法开发，使用了2只雄性Wistar大鼠（n = 2）。大鼠脑组织通过与Dasa Čížková博士（斯洛伐克科学院神经免疫学研究所，布拉迪斯拉发）合作获得。所有动物实验程序均按照机构动物护理指南和国际标准进行，并获得斯洛伐克共和国国家兽医与食品委员会（Ro-4081/17-221）和神经免疫学研究所伦理委员会的批准。成年雄性Wistar大鼠通过CO₂窒息处死，迅速解剖脑组织。对于新鲜冷冻（FF）样本，脑组织立即在冷却至−50 °C的异戊烷中速冻，并储存于−80 °C；FF切片在−20 °C的冷冻切片机上切成8 µm（矢状面），安装在ITO包被的载玻片上并储存于−80 °C。共制备了6张FF切片。

对于FFPE组织块，将新鲜解剖的脑组织浸泡于10%中性缓冲福尔马林中（4%甲醛，pH 7.0；固定液与组织比例≥10:1），室温固定12–48小时，经梯度乙醇（70%、80%、95%、100%）脱水，二甲苯透明（更换2–3次，每次30–60分钟），于约60 °C石蜡浸润并包埋；组织块保存于4 °C。FFPE切片在室温下于切片机上单次连续切取8 µm（矢状面）。制备24张连续切片，其中12张裱贴于经水处理的载玻片上，12张裱贴于涂有2%卵白蛋白的载玻片上。此外，从三个临床癌症活检组织块（口咽癌、乳腺癌和胶质母细胞瘤）中各取四张连续FFPE切片，以2%卵白蛋白作为黏附涂层裱贴于ITO包被载玻片上。胶质母细胞瘤组织取自法国里尔医院病理科，来源于2014年至2018年间入组的前瞻性50例患者队列（NCT02473484），经里尔医院伦理委员会批准（ID-RCB 2014-A00185-42），符合

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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