PRJDB16094：结直肠癌原发灶与肝转移灶肿瘤微环境比较
手术切除对结直肠癌肝转移（CRLM）有效，但其分子病理机制尚不十分清楚。我们假设，结直肠癌肝转移灶与原发肿瘤之间肿瘤微环境的变化会改变肿瘤的活性
基本信息
资源简介
PRJDB16094：结直肠癌原发灶与肝转移灶肿瘤微环境比较
PRJDB16094 是一个聚焦于结直肠癌原发灶与肝转移灶肿瘤微环境比较的研究数据集，英文全称为“Comparison of the tumor microenvironment between the primary site of colorectal cancer and liver metastases.”。该数据集来源于 ebi.ac.uk，在本站归类为肿瘤 / 其他。其核心研究背景是：手术切除对结直肠癌肝转移（CRLM）有效，但其分子病理机制尚不十分清楚。研究假设结直肠癌肝转移灶与原发肿瘤之间肿瘤微环境的变化会改变肿瘤的活性。围绕这一假设，研究对肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）相关基因展开筛选，旨在识别参与调控肿瘤活性的重要因素。
【数据集背景】
结直肠癌肝转移是临床中受到关注的问题，手术切除虽然对结直肠癌肝转移（CRLM）有效，但其分子病理机制尚未被充分理解。肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）已被报道是肿瘤微环境中的关键组成部分，在结直肠癌中参与调控肿瘤活性。基于此，该研究提出假设：结直肠癌肝转移灶与原发肿瘤之间肿瘤微环境的变化会改变肿瘤的活性。为验证这一思路，研究聚焦于在原发肿瘤与肝转移灶之间呈现差异表达的若干 TAM 相关基因，试图从中找到与肿瘤活性调控相关的重要因素。
【数据内容】
该数据集的核心内容来自 RNA 测序。研究使用 FFPE 组织样本进行 RNA 测序，以筛选结直肠癌原发肿瘤与转移部位之间差异表达的 TAM 相关基因。研究重点关注在结直肠癌原发肿瘤与肝转移灶之间显示差异表达的若干 TAM 相关基因，并进一步对这些基因进行确认。除上述信息外，源站未提供关于样本数量、测序平台、数据文件类型或具体基因列表的更多细节。
【采集与来源】
数据来源于 ebi.ac.uk。研究采集的是 FFPE 组织样本，并对其进行 RNA 测序。样本涉及结直肠癌原发肿瘤与肝转移灶两类组织，用于比较两者之间 TAM 相关基因的差异表达。关于样本采集地点、时间跨度、伦理审批信息以及具体合作机构，源站未提供。
【适用场景】
该数据集适用于结直肠癌肝转移分子病理机制相关的研究场景，尤其是围绕肿瘤微环境变化、肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）相关基因差异表达以及肿瘤活性调控因素展开的分析。由于研究比较的是原发肿瘤与肝转移灶之间的差异表达，因此也可用于探索结直肠癌原发灶与转移灶之间微环境差异的后续研究。关于该数据集是否适用于其他癌种、其他转移部位或临床诊断应用，源站未提供。
【使用方法】
源站未提供具体的使用方法说明，包括数据下载方式、文件格式、分析流程或软件工具要求等。使用者如需使用，应参考来源站 ebi.ac.uk 上该数据集的官方页面获取进一步信息。
【质量与限制】
该研究使用 FFPE 组织样本进行 RNA 测序，FFPE 样本在核酸质量方面可能存在一定局限，但源站未提供关于数据质量评估、测序深度、重复次数或验证实验完整性的具体信息。此外，源站描述在“To confirm the RNA sequen”处中断，后续确认实验的细节未完整呈现。关于该数据集的样本量、统计效力、批次效应控制以及潜在偏倚，源站未提供。
【引用与许可】
源站未提供该数据集的引用格式、许可条款或使用限制信息。使用者应访问 ebi.ac.uk 上该数据集的官方页面，以获取准确的引用要求和许可说明。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://ebi.ac.uk/ena/browser/view/PRJDB16094
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
手术切除对结直肠癌肝转移（CRLM）有效，但其分子病理机制尚未被充分了解。我们假设，结直肠癌肝转移与原发肿瘤之间肿瘤微环境的变化改变了肿瘤的活性。肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）已被报道为结直肠癌中调节肿瘤活性的肿瘤微环境关键组成部分。在本研究中，我们利用FFPE组织样本进行RNA测序，以筛选结直肠癌原发肿瘤与转移部位之间差异表达的TAM相关基因，旨在识别参与调节肿瘤活性的重要因素。我们重点关注了几个在结直肠癌原发肿瘤与肝转移之间显示差异表达的TAM相关基因。为验证RNA测序数据，我们使用RNAscope原位杂交进行了进一步验证。
因此，我们确定了趋化因子CCL1——一种针对趋化因子C-C基序受体8（CCR8）配体的趋化因子——为结直肠癌原发部位与肝转移部位之间差异最显著的基因。该基因被选为进一步研究的重点。我们揭示了CCL1-CCR8轴通过AKT信号通路增强结直肠癌细胞运动性的促瘤作用，并且通过组织学分析发现，肝转移部位TAM中CCL1的表达低于原发部位。这些发现为结直肠癌肝转移提供了新的见解，并强调了手术干预的重要性。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
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