存档固定组织全转录组分析中的rRNA选择性去除数据
我们报告了一种从福尔马林固定、石蜡包埋（FFPE）组织分离的人类总 RNA 中选择性去除丰度较高 RNA（SDRNA）物种的方法，此处展示了从存档长达 20 年的临床 FFPE 组织 RNA 中去除核糖体和线粒体转录本
基本信息
资源简介
存档固定组织全转录组分析中的rRNA选择性去除数据
本数据集对应一项关于从福尔马林固定、石蜡包埋（FFPE）组织中进行全转录组分析的方法研究。该方法名为选择性去除丰度较高 RNA（SDRNA），用于从临床 FFPE 组织分离的人类总 RNA 中去除核糖体和线粒体转录本。所展示的样本涵盖存档长达 20 年的临床 FFPE 组织 RNA。研究指出，SDRNA 能够去除 98% 的靶向 RNA，同时保留非靶向 RNA 的相对丰度谱，从而使临床有价值的存档组织标本可通过下一代测序进行常规全转录组分析。数据集英文名称为 Data from: Selective depletion of rRNA enables whole transcriptome profiling of archival fixed tissue，作者为 Morlan, John D.、Qu, Kunbin 与 Sinicropi, Dominick V.，机构为 Dryad，发布时间为 2012 年，许可为 Creative Commons Zero v1.0 Universal。
【数据集背景】
该数据集来源于一项方法学研究，关注的是临床存档组织样本在转录组分析中的应用难题。福尔马林固定、石蜡包埋（FFPE）组织是临床病理实践中长期保存样本的常见形式，这类样本具有重要的临床价值，但其中的 RNA 往往存在降解和丰度偏差等问题。研究聚焦于从 FFPE 组织分离的人类总 RNA，提出并展示了一种选择性去除丰度较高 RNA（SDRNA）物种的方法，目标在于去除核糖体和线粒体转录本，从而为后续全转录组分析创造条件。该研究特别强调了对存档长达 20 年的临床 FFPE 组织 RNA 的处理能力，说明其面向的是常规临床归档样本而非新鲜样本。数据集由 Dryad 机构发布，发布时间为 2012 年，作者包括 Morlan, John D.、Qu, Kunbin 和 Sinicropi, Dominick V.。
【数据内容】
该数据集的内容围绕 SDRNA 方法及其在 FFPE 组织 RNA 上的应用展开。根据源站描述，研究展示了从临床 FFPE 组织 RNA 中去除核糖体和线粒体转录本的过程，这些组织样本存档时间可长达 20 年。方法的关键效果是去除 98% 的靶向 RNA，同时保留非靶向 RNA 的相对丰度谱。这一效果使得存档组织标本能够用于常规全转录组分析，并通过下一代测序实现。数据集英文名称明确指向“选择性去除 rRNA 以实现存档固定组织的全转录组分析”。除上述信息外，关于数据集的具体文件构成、样本数量、测序深度、数据格式等细节，源站未提供。
【采集与来源】
该数据集的来源站为 doi.org，机构为 Dryad。研究材料为从福尔马林固定、石蜡包埋（FFPE）组织分离的人类总 RNA，样本来自临床 FFPE 组织，存档时间可长达 20 年。研究关注的是从这些临床存档样本中去除核糖体和线粒体转录本。作者为 Morlan, John D.、Qu, Kunbin 和 Sinicropi, Dominick V.。发布时间为 2012 年。关于样本的具体采集地点、采集时间、伦理审批信息、样本量、患者人口学特征等，源站未提供。
【适用场景】
该数据集及所描述的方法适用于临床存档 FFPE 组织样本的全转录组分析。由于 FFPE 组织是临床实践中长期保存样本的常见形式，且存档时间可长达 20 年，该方法可用于从这类样本中去除核糖体和线粒体转录本，从而支持下一代测序基础上的全转录组分析。其核心价值在于使临床有价值的存档组织标本能够被常规用于转录组研究，而不仅限于新鲜或特殊保存的样本。该方法在去除 98% 靶向 RNA 的同时保留非靶向 RNA 的相对丰度谱，因此适用于关注非靶向 RNA 表达谱的研究场景。关于具体适用的疾病领域、组织类型或研究设计，源站未提供。
【使用方法】
根据源站描述，该方法为选择性去除丰度较高 RNA（SDRNA），用于从 FFPE 组织分离的人类总 RNA 中去除核糖体和线粒体转录本。处理后，非靶向 RNA 的相对丰度谱得以保留，可用于下一代测序的全转录组分析。该方法展示了从存档长达 20 年的临床 FFPE 组织 RNA 中去除靶向转录本的能力。关于具体的实验操作步骤、试剂配方、测序平台、数据分析流程、软件参数等，源站未提供。
【质量与限制】
源站描述指出，SDRNA 能够去除 98% 的靶向 RNA，同时保留非靶向 RNA 的相对丰度谱。这一指标说明了方法在去除核糖体和线粒体转录本方面的效率，以及其对非靶向 RNA 表达谱的保持能力。研究展示的样本为存档长达 20 年的临床 FFPE 组织 RNA，说明方法适用于长期存档样本。然而，关于该数据集的完整性、准确性、批次效应、重复性、测序质量、覆盖度、偏差评估等具体质量信息，源站未提供。关于方法的局限性、失败案例、适用范围边界等，源站未提供。
【引用与许可】
该数据集的英文名称为 Data from: Selective depletion of rRNA enables whole transcriptome profiling of archival fixed tissue。作者为 Morlan, John D.、Qu, Kunbin 和 Sinicropi, Dominick V.。机构为 Dryad。发布时间为 2012 年。许可为 Creative Commons Zero v1.0 Universal。来源站为 doi.org。关于具体的引用格式、DOI 编号、版本信息等，源站未提供。
下载信息
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需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
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提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://doi.org/10.5061/dryad.k83b8
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据集大小约 826.6 KB。
数据说明
我们报告了一种从福尔马林固定、石蜡包埋（FFPE）组织分离的人类总RNA中选择性去除丰富RNA（SDRNA）种类的方法，此处展示了从存档长达20年的临床FFPE组织RNA中去除核糖体和线粒体转录本。重要的是，SDRNA去除了98%的目标RNA，同时保留了非目标RNA的相对丰度谱，使得通过下一代测序对临床有价值的存档组织标本进行常规全转录组分析成为可能。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
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