使用TrackMate-Cellpose在明场下追踪胶质母细胞瘤-星形细胞瘤细胞
胶质母细胞瘤-星形细胞瘤U373细胞在聚丙烯酰胺凝胶上迁移。该数据集用于一个关于使用TrackMate及其cellpose集成在明场下追踪此类细胞的教程，使用一个自定义cellpose模型（包含在数据集中）
基本信息
资源简介
使用TrackMate-Cellpose在明场下追踪胶质母细胞瘤-星形细胞瘤细胞
该数据集名为 Tracking Glioblastoma-astrocytoma cells imaged in brightfield with TrackMate-Cellpose，聚焦于胶质母细胞瘤-星形细胞瘤 U373 细胞在聚丙烯酰胺凝胶上的迁移行为。数据以明场成像方式记录，并配套一个自定义的 Cellpose 模型，用于演示如何借助 TrackMate 及其 Cellpose 集成完成细胞追踪。数据集由 Jacquemet, Guillaume、Pylvänäinen, Joanna W. 与 Tinevez, Jean-Yves 共同贡献，发布于 Zenodo，时间标注为 2022 年，采用 Creative Commons Attribution 4.0 International 许可。整体而言，它既是一份细胞迁移的成像记录，也是一份面向追踪方法教学的实操材料。
【数据集背景】
胶质母细胞瘤-星形细胞瘤是脑肿瘤研究中的一类重要细胞模型。该数据集关注的是 U373 细胞在聚丙烯酰胺凝胶上的迁移过程。此类实验通常用于观察细胞在接近生理力学条件的基底上的运动行为。数据集的核心目的并非仅提供原始图像，而是服务于一个关于使用 TrackMate 及其 Cellpose 集成在明场下追踪细胞的教程。教程中使用的自定义 Cellpose 模型也包含在数据集内，便于使用者复现完整的追踪流程。
【数据内容】
数据集包含在明场下成像的胶质母细胞瘤-星形细胞瘤 U373 细胞迁移图像，细胞培养于聚丙烯酰胺凝胶上。除图像数据外，还包含一个自定义的 Cellpose 模型，该模型用于配合 TrackMate 的 Cellpose 集成完成细胞追踪。源站描述中给出了进一步了解细节的链接：https://imagej.net/plugins/trackmate/trackmate-cellpose。关于图像的具体数量、分辨率、视野大小、时间序列长度、文件格式与目录结构，源站未提供。
【采集与来源】
数据来源站为 doi.org，发布机构为 Zenodo。成像方式为明场显微成像，研究对象为在聚丙烯酰胺凝胶上迁移的 U373 细胞。作者为 Jacquemet, Guillaume、Pylvänäinen, Joanna W. 与 Tinevez, Jean-Yves。发布时间为 2022 年。关于具体的显微镜型号、物镜参数、成像温度、二氧化碳浓度、采集帧率、曝光时间与实验重复次数，源站未提供。
【适用场景】
该数据集适用于细胞追踪方法的演示与练习，尤其是使用 TrackMate 及其 Cellpose 集成在明场图像中追踪细胞。由于包含自定义 Cellpose 模型，它也可用于测试或复现该模型在类似明场细胞图像上的分割与追踪表现。此外，它可用于脑肿瘤相关细胞迁移研究的方法学参考。关于该数据集是否适用于其他细胞类型、其他成像模态或其他迁移基底，源站未提供。
【使用方法】
使用者可参照源站给出的教程链接，结合 TrackMate 与 Cellpose 集成，加载数据集中的明场图像与自定义 Cellpose 模型，执行细胞分割与追踪。数据集本身包含该自定义模型，因此无需额外获取即可开始教程流程。关于具体的软件版本要求、参数设置、运行环境与操作步骤细节，源站未提供，需参考所给链接中的教程内容。
【质量与限制】
该数据集采用 Creative Commons Attribution 4.0 International 许可，允许在署名条件下使用。其设计目标偏向教程演示，因此可能更适合方法学习与流程验证。关于图像的信噪比、细胞标注的完整性与准确性、追踪结果的验证方式、是否存在缺失帧或异常样本，以及数据集是否存在任何已知偏差，源站未提供。
【引用与许可】
使用该数据集时，应按照 Creative Commons Attribution 4.0 International 许可进行署名。作者为 Jacquemet, Guillaume、Pylvänäinen, Joanna W. 与 Tinevez, Jean-Yves，发布机构为 Zenodo，发布时间为 2022 年。关于具体的引用格式、DOI 编号与推荐引用文本，源站未提供。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://doi.org/10.5281/zenodo.5863316
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据集大小约 69.9 MB。
数据说明
胶质母细胞瘤-星形细胞瘤U373细胞在多聚丙烯酰胺凝胶上迁移。此数据集用于一个教程，该教程介绍如何使用TrackMate及其cellpose集成，在明场条件下利用自定义cellpose模型（包含在数据集中）追踪这类细胞。详情参见：https://imagej.net/plugins/trackmate/trackmate-cellpose
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
需要用于商业化训练或医疗器械注册（NMPA/FDA）？
公开数据往往缺乏完整的病理回证与专家标注。千方医数集依托陕川双基地与超十家三甲医院直连，提供完全合规、去标识化、支持注册级质控的专病数据集交易服务。
