CellDyc 时间分辨单细胞 RNA-seq 数据集

数据集获取

源站：https://doi.org/10.5281/zenodo.18639012

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据集大小约 1.28 GB。

数据说明

该数据集包含六个时间分辨的单细胞RNA测序数据集，以处理后的AnnData（.h5ad）文件形式提供。其中五个数据集源自先前发表的研究，另一个数据集是使用scDesign3和CellDyc方法生成的合成时间序列数据集。所有数据集均按照CellDyc（“实验时间点引导的转录组速度推断”）的格式整理，并作为CellDyc软件包的示例数据。除数据集外，该数据集还提供了一个压缩归档文件celldyc_model，其中包含用于重现CellDyc手稿中结果的预计算模型。包含的数据集有：- gbm_mono2tam.h5ad（通过Zman-seq在胶质母细胞瘤模型中对单核细胞浸润并分化为Arg1⁺/Acp5⁺ TAMs的体内时间戳标记；Kirschenbaum等，2023）- GSE126954_ab_unique.h5ad（秀丽隐杆线虫AB谱系的精选子集（333个细胞），涵盖三个实验时间点；Packer等，2019）- reprogramming_lineage.h5ad（一个CellTagging谱系追踪数据集，包含六个时间点的3,049个细胞；Biddy等）

2018）——gastrulation_erythropoiesis.h5ad（一个scRNA-seq数据集，涵盖小鼠原肠胚形成过程中八个实验时间点上完整的红系谱系特化过程；Pijuan-Sala等，2019）——zebrafish.h5ad（来自斑马鱼胚胎发生图谱的2,341个细胞的精选子集；Farrell等，2018）——scdesign3_5000c500g.h5ad（通过scDesign3和CellDyc生成的包含5,000个细胞和500个基因的合成时间序列数据集；Song等，2024及CellDyc预印本）如果您希望在自己的研究中使用这些数据集中的任何一个，请引用“参考文献”部分列出的相应出版物。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。