空间分辨多组学解析胶质母细胞瘤中双向肿瘤-宿主相互依赖

数据集获取

源站：https://search.dataone.org/view/sha256%3Ab8c1a3e0ffee897a3af9d6ae768b401e2c3db159b6b5eba4ba6ac41aa42789a3

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

胶质母细胞瘤是中枢神经系统的恶性肿瘤，其特征是在发育层级中呈现亚克隆多样性和动态适应（Couturier等，2020；Neftel等，2019；Richards等，2021）。这些肿瘤空间背景下动态重组的来源仍不清楚。在此，我们通过空间分辨转录组学、代谢组学和蛋白质组学对胶质母细胞瘤进行了深入表征。通过解析患者间区域共享的转录程序，我们推断胶质母细胞瘤通过谱系状态的空间隔离进行组织，并适应炎症和/或代谢刺激，类似于成熟星形胶质细胞中的反应性转化。代谢成像和成像质谱流式细胞术的整合揭示了局部区域肿瘤-宿主相互依赖，导致空间上互斥的适应性转录程序。

推断拷贝数变异强调与再…相关的亚克隆的空间连贯组织，数据集使用以下方法收集：1) 10X Visium空间基因表达试剂盒：并且所有组织优化和文库制备的说明均按照制造商方案遵循。数据由10X提供的cell ranger流程进行分析和质量控制。为进一步分析，我们开发了一个空间数据分析框架。cell ranger输出可以通过直接导入函数（SPATA:: initiateSpataObject_10X）导入SPATA，或者使用计数矩阵和条形码坐标矩阵以及H&E染色手动导入。2) MALDI-FTICR-MSI：MALDI成像质谱（MALDI-MSI）分析的组织制备步骤如前所述进行（Aichler et al., 2017; Sun et al., 2018）。我们使用cardinal包中的readImzML函数将文件导入R（Bemis et al., 2015）。我们将每个肿瘤的像素数据矩阵重塑为强度矩阵和坐标矩阵。我们过滤…，# S

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。