CDKN2A重塑脂质代谢促使胶质母细胞瘤发生铁死亡
我们创建了一个资源，包含来自超过175个分子多样性胶质瘤肿瘤及衍生模型的转录组（RNAseq）、基因组（whole-exome seq）和脂质组（非靶向shotgun）谱数据，这些模型包括原位小鼠异种移植和来自超过110个独特患者肿瘤系的胶质瘤球培养
基本信息
资源简介
CDKN2A重塑脂质代谢促使胶质母细胞瘤发生铁死亡
PRJNA965892 是一个围绕胶质母细胞瘤（GBM）分子机制与治疗脆弱性构建的多组学资源，英文全称为“CDKN2A remodels lipid metabolism to prime glioblastoma for ferroptosis”。该资源整合了转录组（RNAseq）、基因组（全外显子测序）和脂质组（非靶向 shotgun）谱数据，覆盖超过 175 个分子多样性胶质瘤肿瘤及衍生模型，衍生模型包括原位小鼠异种移植和来自超过 110 个独特患者肿瘤系的胶质瘤球培养。数据集提供了配对的大块 RNA 与全外显子双端测序数据，测序在 Illumina HiSeq 和 NovaSeq 平台上完成。通过整合多组学分析，相关研究（Minami 等，2023，PMID: 37236196）发现 CDKN2A 缺失重塑了 GBM 的脂质代谢，从而为铁死亡（ferroptosis）创造了条件。该资源旨在支撑胶质瘤瘤间异质性和扰动反应分子特征的多个研究。
【数据集背景】
胶质瘤是中枢神经系统常见的恶性肿瘤，具有高度的分子异质性和治疗抵抗性。为系统解析其瘤间异质性及对扰动（如基因缺失或治疗干预）的分子响应，该数据集构建了一个涵盖转录组、基因组和脂质组的多组学资源。其核心科学问题聚焦于 CDKN2A 缺失如何重塑胶质母细胞瘤的脂质代谢，并由此使肿瘤对铁死亡敏感。这一资源为后续多个研究提供了基础，用于推导胶质瘤的分子特征和扰动响应模式。
【数据内容】
该数据集包含三类组学数据：转录组（RNAseq）、基因组（全外显子测序）和脂质组（非靶向 shotgun profiling）。具体而言，提供了来自切除胶质瘤及其衍生模型系统的配对大块 RNA 和全外显子双端测序数据。样本覆盖超过 175 个分子多样性胶质瘤肿瘤及衍生模型，衍生模型包括原位小鼠异种移植和来自超过 110 个独特患者肿瘤系的胶质瘤球培养。测序数据在 Illumina HiSeq 和 NovaSeq 测序仪上产生。脂质组数据采用非靶向 shotgun 方法获取。这些数据共同构成了一个多组学资源，用于研究胶质瘤的瘤间异质性和扰动反应。
【采集与来源】
数据来源于 ncbi.nlm.nih.gov 站点。样本包括切除的胶质瘤组织以及由其衍生的模型系统，如原位小鼠异种移植和胶质瘤球培养。测序平台为 Illumina HiSeq 和 NovaSeq。关于样本采集的具体时间、地点、伦理审批信息以及患者人口学特征，源站未提供。
【适用场景】
该数据集适用于胶质瘤分子异质性和扰动反应的研究，尤其是涉及 CDKN2A 缺失、脂质代谢重塑和铁死亡敏感性的多组学整合分析。可用于推导瘤间异质性分子特征、比较原发肿瘤与衍生模型（原位小鼠异种移植和胶质瘤球培养）的分子差异，以及探索基因组、转录组和脂质组之间的关联。此外，该资源可支撑多个研究项目，用于识别胶质瘤的分子签名和扰动响应模式。
【使用方法】
使用者可基于配对的大块 RNA 和全外显子双端测序数据进行转录组和基因组分析，并结合非靶向脂质组数据开展多组学整合。具体的数据下载、预处理、比对、变异 calling、表达定量和脂质注释流程，源站未提供。关于如何访问原始数据或处理数据，源站未提供。
【质量与限制】
该数据集覆盖超过 175 个分子多样性胶质瘤肿瘤及衍生模型，并包含来自超过 110 个独特患者肿瘤系的胶质瘤球培养，样本规模较大。测序在 Illumina HiSeq 和 NovaSeq 平台上完成，采用双端测序。然而，关于数据质量指标（如测序深度、覆盖度、重复性）、批次效应、样本纳入排除标准以及潜在偏倚，源站未提供。此外，脂质组数据为非靶向 shotgun 方法，其具体覆盖范围和定量准确性，源站未提供。
【引用与许可】
该数据集与 Minami 等，2023，PMID: 37236196 的研究相关。关于数据集的许可协议、使用条款、访问限制以及正式引用格式，源站未提供。
下载信息
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暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
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提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
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使用方式
数据集获取
源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA965892
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
我们创建了一个资源库，包含来自超过175个分子多样性胶质瘤肿瘤及其原位小鼠异种移植模型和源自110多个独特患者肿瘤系的胶质瘤球培养物的转录组（RNAseq）、基因组（全外显子组测序）和脂质组（非靶向鸟枪法） profiling 数据。该数据集提供了来自切除的胶质瘤及其衍生模型系统的匹配 bulk RNA 和全外显子配对末端测序数据，这些数据是在 Illumina HiSeq 和 NovaSeq 测序仪器上生成的。这一综合数据集支持多项研究，旨在揭示胶质瘤中肿瘤间异质性和扰动反应的分子特征。通过 Minami 等人，2023年，PMID：37236196 中的整合多组学分析，我们发现 CDKN2A 缺失重塑了 GBM……（更多内容见 dbGaP 研究页面。）
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
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