PRJNA875613:胶质母细胞瘤放化疗后辐射诱导循环髓源性抑制细胞对全身性淋巴细胞减少的作用

该数据集来自 NCBI,包含接受放化疗的胶质母细胞瘤患者的 scRNASeq 数据,主题标签为 Raw sequence reads

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基因组分类Raw sequence reads
PRJNA875613: Role of radiation-induced circulating myeloid-derived suppressor cells on systemic lymphopenia after chemoradiotherapy for glioblastoma

基本信息

模态
基因组
任务类型
分类
创建/更新时间
2026-10-20

资源简介

PRJNA875613:胶质母细胞瘤放化疗后辐射诱导循环髓源性抑制细胞对全身性淋巴细胞减少的作用

PRJNA875613 是一个来自 NCBI 的公开数据集,围绕胶质母细胞瘤患者接受放化疗后的免疫学变化展开。该数据集的主题标签为 Raw sequence reads,核心内容是接受放化疗的胶质母细胞瘤患者的单细胞 RNA 测序(scRNASeq)数据。从数据集名称可以看出,其关注点在于放疗诱导产生的循环髓源性抑制细胞(circulating myeloid-derived suppressor cells)在胶质母细胞瘤放化疗后系统性淋巴细胞减少(systemic lymphopenia)中所起的作用。该数据集归入肿瘤 / 脑肿瘤分类,适合对脑肿瘤免疫微环境、放化疗相关免疫抑制机制以及单细胞转录组分析感兴趣的研究者参考使用。

【数据集背景】

胶质母细胞瘤是中枢神经系统常见的恶性肿瘤,放化疗是其临床治疗的重要组成部分。然而,放化疗在杀伤肿瘤细胞的同时,也可能引起系统性淋巴细胞减少等免疫相关不良反应,影响患者的免疫功能与治疗耐受性。该数据集正是围绕这一临床问题构建,旨在通过单细胞转录组层面的数据,支持对放疗诱导的循环髓源性抑制细胞及其在放化疗后系统性淋巴细胞减少中作用的研究。数据集名称直接体现了这一研究主题,即 radiation-induced circulating myeloid-derived suppressor cells 与 systemic lymphopenia 之间的关系。

【数据内容】

该数据集包含接受放化疗的胶质母细胞瘤患者的 scRNASeq 数据,主题标签为 Raw sequence reads,说明其数据主体为原始测序读段。单细胞 RNA 测序能够在单个细胞水平上刻画转录组特征,因而可用于分析患者样本中不同细胞群体的组成与基因表达状态。结合数据集的研究主题,这些数据可用于考察循环髓源性抑制细胞相关细胞群体在放化疗背景下的表现。除上述内容外,样本数量、测序平台、读段长度、细胞数等具体参数源站未提供。

【采集与来源】

该数据集来源于 ncbi.nlm.nih.gov,即 NCBI 公共数据平台,属于公开可获取的序列数据资源。其数据来自接受放化疗的胶质母细胞瘤患者,属于临床样本来源的单细胞测序数据。关于样本采集的具体时间点、采集机构、伦理审批信息以及患者纳入排除标准等细节,源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于脑肿瘤特别是胶质母细胞瘤相关的免疫学研究,尤其是放化疗后免疫抑制机制、髓源性抑制细胞作用以及系统性淋巴细胞减少等方向。研究者可基于原始测序读段开展单细胞层面的转录组分析,探索不同细胞群体的基因表达特征与细胞组成变化。此外,该数据集也可用于方法学验证、与其他胶质母细胞瘤单细胞数据的比较分析,以及作为相关研究背景数据使用。具体分析目标需结合研究设计确定。

【使用方法】

使用该数据集时,通常需要先从 NCBI 获取原始测序读段,再按照单细胞 RNA 测序的标准流程进行读段质控、比对、表达定量与细胞水平的下游分析。由于主题标签为 Raw sequence reads,使用者需自行完成从原始读段到表达矩阵的处理步骤。分析中应结合数据集的研究背景,合理设计细胞群体注释与比较策略。关于数据下载的具体链接、文件组织方式及配套元数据,源站未提供。

【质量与限制】

该数据集为公开来源的原始测序读段,其质量取决于原始测序与样本处理过程,使用前应进行必要的质控评估。由于源站未提供样本量、测序深度、细胞数及临床注释等详细信息,使用者在解释分析结果时需注意数据覆盖范围与背景信息的局限。该数据集聚焦于接受放化疗的胶质母细胞瘤患者,结论外推到其他肿瘤类型或未接受放化疗的人群时应谨慎。其他质量相关指标源站未提供。

【引用与许可】

该数据集来自 NCBI,使用时应遵循 NCBI 平台的相关数据使用与引用规范,并在发表成果时引用数据集对应的原始研究。关于该数据集的具体许可条款、引用格式及原始文献信息,源站未提供。

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使用方式

数据集获取

源站:https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA875613

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

The dataset contains scRNASeq data of glioblastoma patients treated with chemoradiotherapy.

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