PRJNA742887：CRNDE过表达是胶质母细胞瘤不良生存预后生物标志物

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA742887

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     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

胶质母细胞瘤（GBM）是全球最常见且最具恶性的脑部恶性肿瘤，10年生存率仅为0.7%。积极的多模式治疗不足以延长胶质母细胞瘤患者的预期寿命并提供良好的生活质量。此外，尽管经过数十年的研究，仍缺乏用于疾病早期诊断和监测患者治疗反应的既定生物标志物。高通量测序技术使得从大型临床注释数据集中识别分子成为可能。因此，本研究的目的是通过转录组RNA测序分析，利用来自公开可用数据库癌症基因组图谱（TCGA；注释病例数=135）和中国胶质瘤基因组图谱（CGGA；注释病例数=218）的先前数据，以及来自卢布尔雅那医学院病理研究所的具有临床注释的GBM组织样本（对应总生存期2-50个月，n=16），识别短期和长期胶质母细胞瘤幸存者之间的显著分子变化。

我们鉴定出多组重叠且调控一致的差异基因，这些基因涉及细胞生长、分裂与迁移，细胞外基质的结构与动态，DNA甲基化，以及通过非编码RNA的调控。我们发现了一个长链非编码RNA CRNDE的差异基因，它显示出作为胶质母细胞瘤负向预后生物标志物的最佳潜力，并且在所调查的文献和实验数据集的Kaplan-Meier总生存分析中均具有显著性（p=0.013 - 0.046），在文献数据集的Kaplan-Meier无进展生存分析中也具有显著性（p=0.0016）。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。