神经外科细胞外囊泡小RNA深度测序：miR-486-3p区分胶质母细胞瘤与低级别星形细胞瘤
神经外科手术切除期间采集的抽吸液是直接来源于肿瘤微环境的胶质瘤细胞外囊泡（EVs）的丰富来源。使用Illumina® NextSeqTM 500 NGS系统对来自17份神经外科抽吸液的EVs的sncRNA内容进行了分析
基本信息
资源简介
神经外科细胞外囊泡小RNA深度测序：miR-486-3p区分胶质母细胞瘤与低级别星形细胞瘤
PRJNA636345 是一个聚焦于脑肿瘤液体活检分子标志物发现的小RNA测序数据集，其核心目标是从神经外科手术过程中获取的细胞外囊泡中寻找能够区分胶质母细胞瘤与低级别星形细胞瘤的循环生物标志物。该数据集围绕小RNA（sncRNA）的高通量测序展开，研究对象为手术切除期间采集的神经外科抽吸液，这些液体被认为是直接来源于肿瘤微环境的胶质瘤细胞外囊泡的丰富来源。通过对17份神经外科抽吸液样本中的囊泡小RNA内容进行深度测序，研究者得以系统比较不同级别胶质瘤之间小RNA表达谱的差异，并据此提出 miR-486-3p 作为潜在的循环生物标志物。该数据集属于肿瘤与脑肿瘤分类，来源于欧洲生物信息研究所（ebi.ac.uk）的公共数据资源。
【数据集背景】
胶质瘤是中枢神经系统最常见的原发性恶性肿瘤，其中胶质母细胞瘤（GBM）恶性程度最高，而低级别星形细胞瘤（GII-III）的生物学行为与预后差异显著。临床上，区分这两类肿瘤对于治疗决策和预后判断具有重要意义，但传统组织病理学诊断依赖手术取材，难以反复进行。液体活检通过检测体液中游离的核酸或囊泡内容物，为无创或微创地获取肿瘤分子信息提供了新途径。神经外科手术中使用的超声吸引器（CUSA）在切除肿瘤时会产生大量冲洗液，这些抽吸液直接接触肿瘤微环境，富含由肿瘤细胞释放的细胞外囊泡（EVs）。因此，利用这些手术来源的囊泡进行小RNA测序，有望发现能够区分胶质母细胞瘤与低级别星形细胞瘤的循环标志物，该数据集正是在这一背景下产生的。
【数据内容】
该数据集的核心内容是来自17份神经外科抽吸液的细胞外囊泡小RNA测序数据。样本包括胶质母细胞瘤（GBM，n=12）和星形细胞瘤II-III级（GII-III，n=5）两类。测序针对的是囊泡中的小非编码RNA（sncRNA）组分，使用 Illumina® NextSeqTM 500 NGS 系统完成。数据集英文名称明确指向“deep sequencing of small RNAs from neurosurgical extracellular vesicles”，并强调 miR-486-3p 作为区分胶质母细胞瘤与低级别星形细胞瘤患者的循环生物标志物。除上述样本数量、分组和测序平台外，源站未提供关于具体小RNA种类、表达丰度、差异分析结果或测序深度的更多细节。
【采集与来源】
样本采集自神经外科手术切除期间。具体而言，研究者使用密度梯度超速离心法，从超声吸引器（CUSA）冲洗液中纯化细胞外囊泡。这些冲洗液来自胶质母细胞瘤（n=12）和星形细胞瘤II-III级（n=5）的手术。源站描述指出，神经外科抽吸液是直接来源于肿瘤微环境的胶质瘤细胞外囊泡的丰富来源。数据来源站点为 ebi.ac.uk。除上述采集方式、样本来源和数量外，源站未提供关于患者年龄、性别、肿瘤具体位置、术前治疗情况或样本处理时间等临床与实验细节。
【适用场景】
该数据集适用于脑肿瘤分子标志物研究，尤其是基于细胞外囊泡小RNA的液体活检方向。具体应用场景包括：探索胶质母细胞瘤与低级别星形细胞瘤之间的分子差异；验证 miR-486-3p 作为循环生物标志物的潜力；开发基于手术抽吸液囊泡小RNA的辅助诊断或分级方法；以及为后续更大规模队列研究提供前期数据支持。此外，该数据集也可用于方法学参考，例如如何从神经外科手术冲洗液中分离囊泡并进行小RNA测序。由于源站未提供完整的临床注释和验证队列信息，该数据集更适用于假设生成和探索性分析，而非直接用于临床诊断验证。
【使用方法】
使用者可通过来源站点 ebi.ac.uk 获取该数据集。根据源站描述，测序数据由 Illumina® NextSeqTM 500 NGS 系统产生，样本分为胶质母细胞瘤（n=12）和星形细胞瘤II-III级（n=5）两组。典型的使用流程包括：下载原始测序数据，进行质量控制、接头去除和小RNA比对注释，随后进行差异表达分析、靶基因预测或标志物筛选。由于数据集名称和描述中已明确指出 miR-486-3p 作为区分两类肿瘤的循环生物标志物，使用者可围绕该分子开展验证性分析。源站未提供具体的分析软件、参考基因组版本、标准化方法或统计阈值，因此使用者需根据自身研究目的选择合适的小RNA分析流程。
【质量与限制】
该数据集的样本量较小，总计17例，其中胶质母细胞瘤12例、星形细胞瘤II-III级5例，组间样本数不均衡，可能影响统计功效和结果稳健性。测序平台为 Illumina® NextSeqTM 500 NGS 系统，属于成熟的高通量测序技术，但源站未提供测序深度、重复数、批次信息或质控指标。此外，源站未提供患者临床特征、随访信息、肿瘤分子分型或独立验证队列，因此该数据集所提出的 miR-486-3p 标志物仍需在更大规模、多中心研究中进一步验证。关于数据的具体质量评估、污染控制、囊泡表征方法等，源站未提供。
【引用与许可】
源站未提供该数据集的引用格式、许可协议或使用限制。使用者应直接访问 ebi.ac.uk 上对应的数据集页面，以获取最新的引用要求和许可条款。在发表基于该数据集的研究成果时，建议遵循来源站点的规范进行引用。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
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公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://ebi.ac.uk/ena/browser/view/PRJNA636345
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
在肿瘤切除术中获取的神经外科吸引液是直接从肿瘤微环境中分离胶质瘤细胞外囊泡（EVs）的丰富来源。使用Illumina® NextSeqTM 500 NGS系统对来自17份神经外科吸引液的EVs中的sncRNA含量进行了分析。总体设计：采用密度梯度超速离心法，从胶质母细胞瘤（GBM n=12）和星形细胞瘤II-III级（GII-III，n=5）手术的超声外科吸引器（CUSA）冲洗液中纯化出EVs。使用Illumina® NextSeqTM 500 NGS系统对手术捕获的EVs中的sncRNA含量进行了分析。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
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