星形细胞瘤与原发性胶质母细胞瘤表达及差异表达分析数据集
星形细胞瘤患者样本（WHO I 级和 III 级）及原发性胶质母细胞瘤（WHO IV 级）的表达与差异表达分析。表达和差异表达通过使用 Agilent 定制微阵列（244K）进行评估
基本信息
资源简介
星形细胞瘤与原发性胶质母细胞瘤表达及差异表达分析数据集
PRJNA190666 是一个聚焦于脑肿瘤转录组表达分析的数据集，研究对象包括星形细胞瘤患者样本（WHO I 级和 III 级）以及原发性胶质母细胞瘤（WHO IV 级）。该数据集的核心目标是对上述样本进行表达与差异表达分析，所采用的技术平台为 Agilent 定制微阵列（244K）。该定制芯片并非覆盖全转录组，而是针对特定基因组区域设计探针，涉及细胞周期进程、p53 通路以及 STAT-3 通路相关的表达变化。数据集来源于 ebi.ac.uk，在分类上归属于肿瘤 / 脑肿瘤方向，可为研究不同级别星形细胞肿瘤与胶质母细胞瘤之间的分子表达差异提供数据基础。
【数据集背景】
星形细胞瘤与胶质母细胞瘤同属胶质来源的脑肿瘤，但在 WHO 分级上存在明显差异：星形细胞瘤涵盖 I 级和 III 级，而原发性胶质母细胞瘤为 IV 级。不同级别肿瘤在增殖、凋亡调控及信号通路活性方面可能表现出不同的转录特征。该数据集正是围绕这一背景，对星形细胞瘤患者样本（WHO I 级和 III 级）与原发性胶质母细胞瘤（WHO IV 级）进行表达和差异表达分析，以刻画不同级别肿瘤之间在特定基因组区域上的表达差异。
【数据内容】
数据集包含的表达与差异表达信息，基于 Agilent 定制微阵列（244K）获得。该定制阵列的探针针对若干特定基因组区域，主要包括三类：其一，在细胞周期进程中呈现差异表达的区域；其二，响应抗增殖和促凋亡 p53 通路的区域；其三，抗凋亡和促增殖 STAT-3 通路的区域。探针设计还涉及通过 TAS 方法识别的基因组区域，相关方法参考 Kampa 等发表于 Genome Research 的研究。此外，该定制阵列还包含针对经 RNAz 预测含有保守二级结构的基因组区域的探针，RNAz 相关方法参考 Washietl 等的研究。源站描述在此处未完整给出，后续内容源站未提供。
【采集与来源】
该数据集的来源站为 ebi.ac.uk。样本类型包括星形细胞瘤患者样本（WHO I 级和 III 级）以及原发性胶质母细胞瘤（WHO IV 级）。表达和差异表达分析通过 Agilent 定制微阵列（244K）完成。关于样本采集地点、采集时间、患者数量、伦理审批信息等，源站未提供。
【适用场景】
该数据集适用于脑肿瘤分子表达研究，尤其是比较不同 WHO 级别星形细胞肿瘤与原发性胶质母细胞瘤在特定通路和基因组区域上的表达差异。由于定制阵列重点覆盖细胞周期进程、p53 通路和 STAT-3 通路相关区域，以及经 TAS 识别的区域和 RNAz 预测的保守二级结构区域，因此可用于关注这些生物学过程的差异表达分析。对于需要全转录组覆盖或非上述通路的研究，该数据集的适用范围可能有限。具体分析场景的验证与扩展需结合源站信息，源站未提供进一步说明。
【使用方法】
该数据集可通过来源站 ebi.ac.uk 获取。使用时可围绕星形细胞瘤（WHO I 级和 III 级）与原发性胶质母细胞瘤（WHO IV 级）之间的表达和差异表达结果展开分析。由于平台为 Agilent 定制微阵列（244K），分析时需注意其探针设计针对特定基因组区域，而非全转录组。关于数据下载格式、预处理步骤、归一化方法、统计阈值等，源站未提供。
【质量与限制】
该数据集基于 Agilent 定制微阵列（244K），其探针覆盖范围具有明确针对性，主要涉及细胞周期进程、p53 通路、STAT-3 通路、TAS 识别区域以及 RNAz 预测的保守二级结构区域。因此，该数据集不适合直接推断全转录组范围内的表达变化。样本涵盖 WHO I 级和 III 级星形细胞瘤以及 WHO IV 级原发性胶质母细胞瘤，但样本量、批次信息、重复情况、质量控制指标等，源站未提供。使用时应结合具体研究问题评估其适用性。
【引用与许可】
源站描述中提及了 Kampa 等关于 TAS 的研究以及 Washietl 等关于 RNAz 的研究，但该数据集本身的引用方式、许可类型、使用限制等信息，源站未提供。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://ebi.ac.uk/ena/browser/view/PRJNA190666
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
星形细胞瘤患者样本（WHO I级和III级）及原发性胶质母细胞瘤（WHO IV级）的表达与差异表达分析。采用Agilent定制微阵列（244K）评估表达与差异表达。该定制阵列包含针对以下基因组区域的探针：这些区域已被发现（i）在整个细胞周期进程中、（ii）在响应抗增殖和促凋亡p53通路时，以及（iii）在抗凋亡和促增殖STAT-3通路中，通过采用TAS方法（Kampa等，“从人类21号和22号染色体转录组深度分析中鉴定出的新型RNA”，Genome Research，14：331-42，2004）存在差异表达。此外，该Agilent定制阵列（244K）还检测针对预测含有由RNAz（Washietl等，“非编码RNA的快速可靠预测”，Proc Natl Acad Sci USA. 102：2454-9，2005）或Evofold（Pedersen等，“人类基因组中保守RNA二级结构的鉴定与分类”，PLoS Comput Biol.）所识别保守二级结构的基因组区域的探针。
2:e33, 2006.)，以及来自公共数据库的已知非编码RNA，还有Agilent mRNA探针集014850。总体设计：我们分别对星形细胞瘤I级、III级和IV级患者样本各分析了四个阵列。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
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