人脑胶质瘤瘤内微生物群落16S rRNA基因谱分析
该数据集来自 NCBI，针对 107 例初治胶质瘤患者的福尔马林固定石蜡包埋肿瘤标本，采用 16S rRNA 基因 V4 区扩增子测序分析瘤内微生物群落
基本信息
资源简介
人脑胶质瘤瘤内微生物群落16S rRNA基因谱分析
该数据集来自 NCBI，英文名称为 PRJNA1543727: 16S rRNA gene profiling of intratumoral microbial communities in human glioma，本站归类为肿瘤 / 脑肿瘤。数据集针对 107 例初治胶质瘤患者的福尔马林固定石蜡包埋肿瘤标本，采用 16S rRNA 基因 V4 区扩增子测序分析瘤内微生物群落，主题标签为原始测序读段（Raw sequence reads）。研究考察微生物多样性、分类组成和预测的微生物功能与 WHO 肿瘤分级及总生存之间的关系，支持对与胶质瘤分级和患者结局相关的微生物特征进行探索性分析。
【数据集背景】
胶质瘤是中枢神经系统常见的肿瘤类型，其瘤内微生物群落近年来受到关注。该数据集围绕人胶质瘤瘤内微生物群落的 16S rRNA 基因谱分析展开，研究对象为初治（treatment-naive）胶质瘤患者，即尚未接受治疗的患者，这有助于在治疗干扰之前观察瘤内微生物的基本状况。研究以 WHO 肿瘤分级和总生存作为关联分析的主要临床维度，属于探索性研究性质。
【数据内容】
数据集的主题标签为原始测序读段（Raw sequence reads），即测序产生的原始序列数据。根据源站描述，数据来自 16S rRNA 基因 V4 区扩增子测序，覆盖 107 例患者的肿瘤标本。研究内容涉及三个层面：微生物多样性、分类组成以及预测的微生物功能，并将这些微生物特征与 WHO 肿瘤分级和总生存进行关联考察。源站未提供样本量以外的具体数据规模、文件数量或数据体积等信息。
【采集与来源】
数据来源于 NCBI（ncbi.nlm.nih.gov）。标本类型为福尔马林固定、石蜡包埋（FFPE）的肿瘤标本，取自 107 例初治胶质瘤患者。测序策略为 16S rRNA 基因 V4 区扩增子测序。源站未提供标本采集地点、采集时间、患者人群的地域构成、伦理审批信息以及测序平台的具体型号等细节。
【适用场景】
该数据集适用于瘤内微生物群落的探索性分析，包括：描述胶质瘤瘤内微生物的多样性与分类组成；预测微生物功能；考察微生物特征与 WHO 肿瘤分级之间的关联；考察微生物特征与患者总生存之间的关联。由于研究定位为探索性分析，其适用场景以假设生成和特征筛选为主。源站未提供该数据集用于其他疾病领域或非胶质瘤样本的适用性说明。
【使用方法】
使用者可基于原始测序读段开展 16S rRNA 基因 V4 区扩增子序列的分析流程，包括序列质控、多样性分析、分类组成分析和微生物功能预测，并结合 WHO 肿瘤分级与总生存信息进行关联分析。源站未提供具体的分析流程参数、参考数据库版本、质量控制阈值或配套的临床信息表结构，使用前需自行确认数据组织方式。
【质量与限制】
该数据集基于福尔马林固定石蜡包埋标本，此类标本的核酸质量可能影响微生物序列的检出，但源站未提供针对该数据集的具体质量评估结论。研究为探索性分析，微生物特征与肿瘤分级及生存的关联不宜直接解释为因果关系。样本量为 107 例初治患者。源站未提供批次效应、污染对照、重复样本或测序深度等质量控制信息，也未提供数据完整性或缺失情况的说明。
【引用与许可】
源站未提供该数据集的引用方式、发表文献信息或许可条款。使用者在引用或再利用该数据前，应自行查阅 NCBI 上该登录号对应的页面以获取最新的引用与使用要求。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1543727
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
本研究采用16S rRNA基因V4区扩增子测序技术，对107例未经治疗的胶质瘤患者福尔马林固定、石蜡包埋的肿瘤标本中的瘤内微生物群落进行了分析。研究探讨了微生物多样性、分类学组成及预测的微生物功能与WHO肿瘤分级和总生存期的关系。该数据集支持对与胶质瘤分级及患者预后相关的微生物特征进行探索性分析。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
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