Pten、p53和Rb通路在成年脑高级别星形细胞瘤中的层级协同作用

数据集获取

源站：https://ebi.ac.uk/ena/browser/view/PRJNA127619

标准获取流程：

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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

PTEN、TP53和RB1信号通路的突变是人类胶质母细胞瘤（星形细胞瘤中最高级别）发病过程中的必然事件。为了研究这些肿瘤抑制基因在小鼠中的协同作用，我们在成熟大脑的星形胶质细胞和神经前体细胞中条件性地诱导了多种组合的复合缺失。由此产生的高穿透性星形细胞瘤展现出与人类肿瘤相似的组织病理学变异谱，范围从III级到IV级（胶质母细胞瘤）。次级体细胞突变根据初始缺失组合的不同而有所差异，并与人类疾病相关。受体酪氨酸激酶扩增在由Pten和Tp53联合条件性缺失引发的肿瘤中频繁出现，但当Rb、Pten和Tp53同时缺失时则不然。尽管在星形细胞瘤中获得了PI3K和Rb通路内的多重突变，但Mapk激活并未持续检测到。基因表达谱分析显示，这些肿瘤与先前描述的人类星形细胞瘤亚类有着惊人的相似性。一部分星形细胞瘤在成年大脑的增殖生态位之外起源。

总体设计：使用HG-U133 plus 2芯片对8例人脑样本进行基因表达谱分析，其中包括2例正常脑干和6例脑干低级别胶质瘤。使用Affymetrix Mouse Genome 430 v2芯片对38例小鼠肿瘤样本进行基因表达谱分析，其中包括24例Pten p53双敲除和14例Pten p53 Rb1三敲除。使用Roswell Park Cancer Institute 6.5k BAC芯片对51例双敲除肿瘤样本进行拷贝数变化分析。使用Agilent mouse genome CGH mocirarray 244A对21例三敲除肿瘤样本进行拷贝数变化分析。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。