PRJNA1258598:31只GL261胶质瘤小鼠PBMC与肿瘤的TCR免疫组库(128个样本)
该数据集来自 NCBI BioProject(ID 1258598),收录 31 只 GL261 胶质瘤小鼠的 PBMC 与肿瘤样本的 TCR 免疫组库数据,共 128 个样本,数据类型为原始测序读段(Raw sequence reads)

基本信息
资源简介
PRJNA1258598:31只GL261胶质瘤小鼠PBMC与肿瘤的TCR免疫组库(128个样本)
PRJNA1258598 是 NCBI BioProject 数据库中的一项生物项目记录,标题为“TCR repertoires of PBMC and tumor from 31 GL261 glioma mice (128 samples)”。该项目聚焦于 GL261 胶质瘤小鼠模型,采集外周血单核细胞(PBMC)与肿瘤组织两类样本,用于获取 T 细胞受体(TCR)免疫组库数据。项目共涉及 31 只 GL261 胶质瘤小鼠、128 个样本,数据类型为原始测序读段(Raw sequence reads)。作为 BioProject 记录,它汇集了与这一研究计划相关的多种数据类型,并提供统一入口以便查找和访问该项目产生的数据。该数据集在分类上归属于肿瘤 / 脑肿瘤方向,来源站点为 ncbi.nlm.nih.gov。
【数据集背景】
BioProject 是 NCBI 中用于汇集与单一研究计划相关的生物数据的记录类型,这些数据通常来自单一机构或联盟。每条 BioProject 记录为用户提供一个统一的位置,以便找到该项目所产生的不同类型数据的链接。PRJNA1258598 即属于此类记录,其研究主题为 GL261 胶质瘤小鼠模型中的 TCR 免疫组库分析,涉及 PBMC 与肿瘤两类样本。该项目的标题明确指出了样本来源、小鼠模型、样本数量以及数据主题,为后续数据检索和利用提供了基本标识。
【数据内容】
该数据集的核心内容是 TCR 免疫组库数据,来源于 31 只 GL261 胶质瘤小鼠的 PBMC 和肿瘤样本。项目共包含 128 个样本,数据类型为原始测序读段(Raw sequence reads)。主题标签同样标注为 Raw sequence reads,表明该数据集主要提供未经进一步处理的测序读段。TCR 免疫组库数据通常用于描述 T 细胞受体序列的组成与多样性,但关于具体测序平台、读长、覆盖度、TCR 链类型(如 α 链、β 链)等细节,源站未提供。
【采集与来源】
样本来自 31 只 GL261 胶质瘤小鼠,采集类型包括 PBMC 与肿瘤组织。GL261 是一种常用的小鼠胶质瘤模型,但该数据集的具体采集时间、地点、伦理审批信息、样本处理流程等,源站未提供。数据来源站点为 ncbi.nlm.nih.gov,属于 NCBI BioProject 数据库。项目编号为 PRJNA1258598,源站标题为“ID 1258598 - BioProject - NCBI”。除上述信息外,关于样本采集、动物饲养、实验条件等具体内容,源站未提供。
【适用场景】
该数据集适用于免疫组库相关研究,尤其是针对胶质瘤模型中 TCR repertoire 的分析。由于包含 PBMC 与肿瘤配对样本,可用于比较外周与肿瘤局部 T 细胞受体组成的差异,或用于探索 GL261 胶质瘤小鼠模型中 T 细胞免疫应答的特征。此外,原始测序读段可用于重新分析、方法验证或与其他免疫组库数据集进行整合。但具体适用场景需结合项目原始研究目的,源站未提供更详细的说明。
【使用方法】
该数据集以 BioProject 记录形式提供,用户可通过 NCBI BioProject 数据库访问项目编号 PRJNA1258598,进而查找该项目关联的原始测序读段及其他数据类型。BioProject 记录本身提供指向不同数据类型的链接,用户可根据需要下载原始测序读段进行后续分析。关于具体的下载方式、数据格式、分析流程或推荐工具,源站未提供。
【质量与限制】
该数据集为原始测序读段,未提供处理后数据或质量控制指标。关于测序质量、样本完整性、批次效应、技术重复等信息,源站未提供。此外,该数据集仅涉及 31 只 GL261 胶质瘤小鼠,样本量有限,可能影响统计效力与结论外推。由于缺乏详细的实验设计与临床信息,使用时应谨慎解释结果。其他潜在限制,源站未提供。
【引用与许可】
该数据集的引用方式、许可协议、使用限制等信息,源站未提供。用户在使用时应参考 NCBI BioProject 的通用条款以及项目页面可能提供的附加说明。关于具体引用格式或数据使用许可,源站未提供。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载,适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档,适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务(收技术服务费,非数据销售)
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管,完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站:https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1258598
标准获取流程:
- 访问源站链接,注册/登录账号;
- 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
- 部分平台提供 SDK,例如:
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
免疫系统是抵御疾病的首要防线,其中适应性免疫系统通过靶向机制对抗病原体和癌症,同时也参与自身免疫性或炎症性疾病。这种保护能力是通过识别和响应多种抗原实现的,其基础在于个体T细胞受体(TCR)库的独特特征。检查点免疫疗法增强了免疫系统检测和摧毁肿瘤细胞的能力——然而,预测个体对这些治疗的反应仍是一项重大挑战。我们提供了一个来自同源、原位GL261胶质瘤小鼠模型的TCR库综合数据集。小鼠接受抗PD-1抗体治疗或作为对照组未接受治疗,纵向监测和样本收集持续至肿瘤植入后第63天。肿瘤进展通过生物发光成像进行非侵入性监测。总共从外周血单核细胞(PBMCs)和肿瘤组织在多个时间点收集了128份样本。针对α链和β链生成并测序了TCR文库。
约30%的受治小鼠表现出治疗反应,这使得我们能够对反应者与无反应者进行比较分析。该数据集为研究基于TCR的生物标志物以预测免疫治疗反应提供了合适的资源。对照、反应者和无反应者组的纳入,以及来自血液和肿瘤组织的纵向采样,为识别与治疗结果相关的TCR特征提供了独特的机会。这些见解有潜力推动个性化免疫治疗策略的进步,并改善GBM癌症治疗中的临床决策。
数据加载示例(图像类)
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
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