胶质瘤表观遗传演化由IDH1突变状态与治疗方案决定
该数据集来自 NCBI BioProject（编号 PRJNA1051993），主题为胶质瘤表观遗传演化与 IDH1 突变状态及治疗方案的关系
基本信息
资源简介
胶质瘤表观遗传演化由IDH1突变状态与治疗方案决定
该数据集来自 NCBI BioProject，编号为 PRJNA1051993，英文名称为“The epigenetic evolution of glioma is determined by the IDH1 mutation status and treatment regimen”。从名称可以看出，该数据集围绕胶质瘤的表观遗传演化展开，重点关注IDH1突变状态以及治疗方案在其中所起的作用。数据集在站内被归类为肿瘤 / 脑肿瘤方向，来源站为 ncbi.nlm.nih.gov。其主题标签为“Raw sequence reads”，说明该数据集包含与原始测序读长相关的数据内容。整体而言，该数据集为研究胶质瘤表观遗传变化与IDH1突变状态、治疗 regimen 之间关系提供了生物数据集合，适合关注脑肿瘤分子机制、表观遗传学以及相关测序数据的研究人员参考使用。
【数据集背景】
该数据集所属的 BioProject 是 NCBI 中用于汇集与某一项研究计划相关的生物数据的记录类型。根据源站描述，一个 BioProject 通常来源于单一组织或联盟，旨在为用户提供一个统一入口，以便查找该项目所产生的多种数据类型。PRJNA1051993 这一编号对应的是关于胶质瘤表观遗传演化的研究项目，其核心关注点是IDH1突变状态与治疗方案如何共同决定或影响胶质瘤的表观遗传演化。胶质瘤是脑肿瘤中的常见类型，而IDH1突变状态在胶质瘤的分子分型与临床研究中具有重要意义。该数据集将表观遗传演化与IDH1突变状态、治疗 regimen 联系起来，体现了脑肿瘤研究中对分子机制与临床治疗因素交互作用的关注。
【数据内容】
该数据集的主题标签为“Raw sequence reads”，表明其数据内容主要涉及原始测序读长。原始测序读长通常来自高通量测序平台，可用于后续的比对、定量、变异检测以及表观遗传相关分析。由于该数据集围绕胶质瘤的表观遗传演化，并且与IDH1突变状态和治疗方案相关，因此这些原始测序读长可能用于支持对胶质瘤样本在表观遗传层面的研究。不过，关于具体样本数量、测序平台、读长长度、数据量、文件格式、样本分组、时间点设置、治疗 regimen 的具体内容、IDH1突变状态的具体分类方式等信息，源站未提供。因此，无法进一步描述该数据集所包含的测序数据在样本层面的详细构成。
【采集与来源】
该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，属于 NCBI BioProject 数据库中的记录。其源站标题为“ID 1051993 - BioProject - NCBI”，说明该记录在 NCBI BioProject 中以编号 1051993 进行标识，对应的项目编号为 PRJNA1051993。根据 BioProject 的一般定义，该项目可能来源于单一组织或联盟，用于汇集与胶质瘤表观遗传演化研究相关的生物数据。关于样本采集地点、采集时间、伦理审批信息、研究者所属机构、资助来源、具体实验设计等采集与来源细节，源站未提供。
【适用场景】
该数据集适用于与胶质瘤表观遗传演化相关的研究场景，尤其是关注IDH1突变状态与治疗方案如何影响表观遗传变化的分析。由于主题标签为“Raw sequence reads”，该数据集可用于需要原始测序读长的分析流程，例如测序数据质控、比对、表观遗传修饰分析、基因表达分析或变异分析等。对于脑肿瘤研究、肿瘤表观遗传学、分子病理学以及临床治疗相关机制研究的人员，该数据集可作为原始数据资源进行二次分析或整合分析。此外，该数据集也可用于方法学验证、流程测试或与其他胶质瘤数据集进行比较研究。但具体适用场景仍需结合源站提供的原始数据与项目描述进行判断，源站未提供更详细的适用建议。
【使用方法】
该数据集可通过 NCBI BioProject 记录进行访问，用户可在 ncbi.nlm.nih.gov 上查找编号 PRJNA1051993 或 ID 1051993，以获取该项目所链接的多种数据类型。由于该数据集的主题标签为“Raw sequence reads”，使用者通常需要根据 BioProject 页面提供的链接跳转至相应的数据存储或下载入口，获取原始测序读长文件。随后，可按照常规高通量测序数据分析流程进行质控、比对、定量或表观遗传相关分析。关于具体的下载方式、文件命名规则、数据处理步骤、推荐分析工具、参考基因组版本等信息，源站未提供。因此，实际使用时需以 NCBI BioProject 页面所提供的信息为准。
【质量与限制】
该数据集来自 NCBI BioProject，属于公共生物数据资源，其记录方式遵循 BioProject 的一般规范。然而，关于该数据集的数据质量、测序深度、覆盖度、重复性、样本量、批次效应、缺失值情况、数据完整性以及是否存在技术偏差等信息，源站未提供。此外，该数据集名称中涉及IDH1突变状态与治疗方案，但关于突变状态的具体判定方法、治疗方案的详细内容、样本分组方式以及表观遗传演化的具体检测手段等信息，源站未提供。因此，在使用该数据集时，用户需要自行评估数据质量，并结合原始项目描述或相关发表文献进行判断。该数据集的主题标签为“Raw sequence reads”，意味着数据可能未经充分处理，使用前通常需要进行质量控制与预处理。
【引用与许可】
该数据集来自 NCBI BioProject，编号为 PRJNA1051993。关于该数据集的引用方式、许可协议、使用条款、数据共享政策以及是否允许商业使用等信息，源站未提供。用户在使用该数据集时，应参考 NCBI BioProject 页面上的相关说明，并遵循 NCBI 的一般数据使用政策。若该数据集关联到具体发表文献，应按照文献引用规范进行引用。由于源站未提供具体的引用格式与许可信息，建议用户直接访问 NCBI BioProject 记录以获取最新、最准确的引用与许可要求。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1051993
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
胶质瘤的治疗耐药性被认为源于肿瘤的适应性或选择性进化。为探究胶质瘤在治疗压力下的纵向表观遗传演化，我们对配对的初发和复发肿瘤进行了表观基因组分析。在本数据集中，我们采用ChIP-seq技术对H3K27ac和H3K4me3进行图谱分析。共有17份新鲜冷冻的GCIMP肿瘤样本，其中9份为原发性GCIMP-high样本，4份为原发性GCIMP-low样本，3份为复发性GCIMP-low样本。这些组织采集自亨利·福特医院（HFH）的Hermelin脑肿瘤中心（HBTC）肿瘤库，并具有详尽的临床随访资料。样本筛选基于相关分子检测面板（如RNA测序）数据的可获得性、由神经病理学家评估的高肿瘤纯度以及充足的组织量。ChIP-seq数据采用单端测序生成，读长为75 bp，平均覆盖度为100x。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
数据缺失？
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