少突胶质细胞瘤生存预测的标准化基因组数据

数据曾用于 Nature Precision Oncology 论文中的机器学习生存预测研究,可支撑基于基因组特征的生存分析建模与预后评估(来源 figshare,CC BY 4.0 许可)

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2018-09-14 更新
浏览 2
基因组预测oligodendrogliomaTCGAmachine learningcancer outcomesCancerComputational BiologyGenomics
Normalized genomic data for survival prediction in oligodendrogliomas

基本信息

模态
基因组
大小
0.032847061 GB
任务类型
预测
许可
CC BY 4.0
创建/更新时间
2018-09-14
版本
v1

资源简介

少突胶质细胞瘤生存预测的标准化基因组数据

Normalized genomic data for survival prediction in oligodendrogliomas

该数据集来自 figshare,包含 TCGA 少突胶质细胞瘤(定义为 IDH1/IDH2 突变且 1p/19q 共缺失)的总生存期与标准化基因组特征,共 2 个文件(Brain_gene.txt、Brain_integ.txt)。数据曾用于 Nature Precision Oncology 论文中的机器学习生存预测研究,可支撑基于基因组特征的生存分析建模与预后评估(来源 figshare,CC BY 4.0 许可)。

【数据集背景】

项目资助方:National Brain Tumor Society。源站首次发布:2018-09-14。

【数据结构与技术规格】

文件数 2 个,合计 32.85 MB。数据集 DOI:10.6084/m9.figshare.7091057.v1。

【主题与分类】

源站学科分类:Oncology and carcinogenesis not elsewhere classified、Bioinformatics and computational biology not elsewhere classified、Genomics。主题标签:oligodendroglioma、TCGA、machine learning、cancer outcomes、Cancer、Computational Biology、Genomics。本站分类:肿瘤/脑肿瘤。

【适用方向】

源站学科分类标注为 Oncology and carcinogenesis not elsewhere classified、Bioinformatics and computational biology not elsewhere classified、Genomics。

【获取与许可】

源站页面:https://figshare.com/articles/dataset/Normalized_genomic_data_for_survival_prediction_in_oligodendrogliomas/7091057

使用许可:CC BY 4.0(https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/)。

规范引用:Cooper, Lee (2018). Normalized genomic data for survival prediction in oligodendrogliomas. figshare. Dataset

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使用方式

数据集获取(Figshare)

命令行下载

curl -L -o "Brain_gene.txt" "https://ndownloader.figshare.com/files/13040357"
curl -L -o "Brain_integ.txt" "https://ndownloader.figshare.com/files/13040360"

文件清单

  • Brain_gene.txt(32.44 MB)
  • Brain_integ.txt(411.50 KB)

文件总体积 32.85 MB(源站 API 实测)。

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。

数据说明

本文件包含TCGA少突胶质细胞瘤(定义为具有IDH1/IDH2突变以及染色体1p和19q共缺失)的总生存期和标准化基因组特征。

该数据用于《自然·精准肿瘤学》(出版中)论文“多维度计算评估少突胶质细胞瘤的风险与进展揭示Notch和PI3K通路的关键作用”中的生存期机器学习预测。

许可

CC BY 4.0

引用

学术使用请引用 DOI 10.6084/m9.figshare.7091057.v1(source: https://figshare.com/articles/dataset/Normalized_genomic_data_for_survival_prediction_in_oligodendrogliomas/7091057)。

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