HTAN CHOP 儿童高级别胶质瘤纵向单细胞图谱

数据集获取

源站：https://cellxgene.cziscience.com/collections/9ceda3d2-a55e-4b82-a91a-0190d947459a

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

儿童高级别胶质瘤（pHGG）是一种无法治愈的中枢神经系统恶性肿瘤，是儿童癌症死亡的主要原因之一。虽然pHGG与成人胶质瘤有许多相似之处，但它包含不同的疾病实体。在本研究中，我们通过单核RNA和ATAC测序、全基因组测序以及CODEX空间蛋白质组学，对一个由16名pHGG患者组成的分子多样性队列进行了纵向分析，以捕捉疾病进展和治疗过程中肿瘤及微环境特征的演变。我们定义了一组核心pHGG肿瘤细胞状态，并观察到恶性细胞表型之间肿瘤-髓系相互作用的差异。我们发现，必需神经调质和干扰素反应在治疗后上调，提示它们可作为恶性细胞内在靶点。我们观察到疾病进展时少突胶质细胞增加，并且它们与神经前体肿瘤细胞协调空间基序。这个纵向pHGG的多组学图谱捕捉了治疗反应的特征，并为儿童脑肿瘤研究提供了一个可扩展的参考。疾病：儿童高级别胶质瘤。

组织：小脑、大脑半球、背侧加腹侧丘脑、颞叶。检测方法：10x 3’ v3。单细胞数据集（CZ CELLxGENE）。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。