GSE201553:CD169是脑肿瘤中IFN-γ刺激的炎性巨噬细胞标志物 [CT2A]

针对胶质母细胞瘤(GBM)的治疗在很大程度上无效,原因是免疫抑制性肿瘤相关巨噬细胞(TAM)的浸润。近期研究表明,TAM 也可以具有免疫激活作用

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基因组分类脑肿瘤胶质母细胞瘤肿瘤相关巨噬细胞CD169单细胞转录组免疫微环境
GSE201553: CD169 is a marker of IFN-γ-stimulated inflammatory macrophages in brain tumor [CT2A]

基本信息

模态
基因组
任务类型
分类
创建/更新时间
2026-10-21

资源简介

GSE201553:CD169是脑肿瘤中IFN-γ刺激的炎性巨噬细胞标志物 [CT2A]

GSE201553 是一个聚焦脑肿瘤免疫微环境的转录组数据集,英文全称为“CD169 is a marker of IFN-γ-stimulated inflammatory macrophages in brain tumor [CT2A]”,在分类上归属于肿瘤领域的脑肿瘤方向,数据来源于 NCBI(ncbi.nlm.nih.gov)。该数据集围绕胶质母细胞瘤(GBM)中肿瘤相关巨噬细胞(TAM)的异质性展开,核心关注表达 CD169 的巨噬细胞亚群及其在塑造抗肿瘤微环境中的作用。源站描述指出,针对 GBM 的治疗在很大程度上无效,原因在于免疫抑制性 TAM 的浸润;而近期研究显示 TAM 也可能具备免疫激活功能,但区分这些异质性巨噬细胞群体的标志物此前尚未建立。该数据集正是为识别和刻画这一具有免疫激活作用的 CD169+ 巨噬细胞亚群提供了转录组层面的支撑。

【数据集背景】

胶质母细胞瘤(GBM)是治疗难度极高的脑肿瘤,免疫抑制性肿瘤相关巨噬细胞(TAM)的浸润被认为是其治疗失败的重要原因。近年研究发现,TAM 并非单一功能群体,其中一部分可以发挥免疫激活作用,但长期以来缺乏能够区分这些异质性巨噬细胞群体的明确标志物。该数据集所对应的研究正是在这一背景下,识别出一类表达 CD169 的巨噬细胞亚群,并发现该亚群在 GBM 中促进抗肿瘤微环境的形成,从而为理解 TAM 的功能异质性提供了新的切入点。

【数据内容】

依据源站描述,该数据集涉及单细胞转录组分析,用于比较和刻画人与小鼠胶质瘤中的巨噬细胞群体。研究通过单细胞转录组分析发现,人和小鼠胶质瘤中的 CD169+ 巨噬细胞可产生促炎趋化因子,进而导致 T 细胞和 NK 细胞的聚集。研究还显示,清除 CD169+ 巨噬细胞会缩短荷瘤小鼠的生存时间,并削弱抗肿瘤淋巴细胞的功能;NK 细胞产生的 IFN-γ 对于 CD169+ 巨噬细胞在胶质瘤中的聚集具有关键作用。数据集名称中的 CT2A 指向小鼠胶质瘤模型背景。除上述内容外,源站未提供更细化的样本数量、分组设计或具体基因列表等信息。

【采集与来源】

该数据集来源于 NCBI(ncbi.nlm.nih.gov),属于公开可获取的基因表达相关数据集,编号为 GSE201553。其研究材料涉及人类与小鼠胶质瘤样本,并包含单细胞转录组层面的分析内容。关于样本采集的具体地点、时间跨度、伦理审批信息以及测序平台等细节,源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于脑肿瘤免疫微环境研究,尤其是胶质母细胞瘤中肿瘤相关巨噬细胞异质性的探索。具体可用于研究 CD169+ 巨噬细胞亚群的转录特征、其与促炎趋化因子产生的关系、对 T 细胞与 NK 细胞聚集的影响,以及 NK 细胞来源 IFN-γ 在巨噬细胞募集中的作用。对于希望区分免疫抑制性与免疫激活性 TAM 群体、寻找潜在巨噬细胞标志物的研究者,该数据集也具有参考价值。

【使用方法】

源站未提供该数据集的具体使用流程、数据处理步骤或分析参数。使用者可依据 NCBI 公开数据集的常规获取方式访问该编号对应的数据资源,但针对本数据集的分析方法细节需以源站记录为准。

【质量与限制】

源站未提供该数据集的质量评估信息,包括测序深度、重复数、批次效应控制等具体指标。该数据集基于人与小鼠胶质瘤样本及 CT2A 模型,其结论向其他肿瘤类型或临床场景的外推需谨慎。关于样本量、数据完整性与潜在偏倚等限制性信息,源站未提供。

【引用与许可】

源站未提供该数据集的引用方式与许可条款信息。使用者在引用或再利用该数据集前,应查阅 NCBI 源站记录中的相关说明。

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使用方式

数据集获取

源站:https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE201553

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

针对多形性胶质母细胞瘤(GBM)的治疗在很大程度上无效,原因在于免疫抑制性肿瘤相关巨噬细胞(TAMs)的浸润。近期研究表明,TAMs也能激活免疫反应。然而,区分这些异质性巨噬细胞群体的标志物尚未确立。在本研究中,我们鉴定出一类表达CD169的巨噬细胞亚群,其在GBM中促进抗肿瘤微环境的形成。通过单细胞转录组分析,我们发现人和小鼠胶质瘤中的CD169+巨噬细胞产生促炎趋化因子,导致T细胞和NK细胞的积聚。清除CD169+巨噬细胞会缩短胶质瘤小鼠的生存期,并削弱抗肿瘤淋巴细胞的功能。我们证明,NK细胞产生的IFN-γ对于CD169+巨噬细胞向胶质瘤的积聚至关重要。此外,巨噬细胞上的CD169表达增强了对凋亡胶质瘤细胞的吞噬作用。我们的发现表明,TAMs中的CD169+亚群促进针对GBM的抗肿瘤免疫反应。

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。

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