GlioTrace 示例数据集

数据集获取

源站：https://doi.org/10.5281/zenodo.21981543

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据集大小约 5.62 GB。

数据说明

描述 本数据集包含来自时间序列脑切片数据的示例感兴趣区域（ROI）图像堆栈，研究对象为迁移中的胶质母细胞瘤细胞。每个.npz文件将两个通道（GFP和Lectin-594）存储为两个独立的NumPy数组。每个数组的格式为高度 x 宽度 x 时间。示例数据集分为两个子文件夹，分别对应来自两只不同小鼠的数据。示例数据的实验元数据可在单独的Excel表格中找到。数据集内容 - Example_data.zip - 主数据集文件 - metadata.csv - 实验元数据 数据采集 使用高内涵共聚焦显微镜系统对活体PDCX脑切片进行成像。以10倍放大率获取全切片时间序列Z轴堆栈图像，使用9 x 9拼接视野和10微米Z轴步进，成像间隔最长可达2小时，持续最长可达5天。通过GFP荧光可视化肿瘤细胞，而血管和微胶质/巨噬细胞结构则使用组织穿透性荧光偶联物TL-DyLight 594进行可视化。数据处理 在选取大小为500 x 500像素的ROI之前，对获取的图像进行了拼接、配准和稳定处理。

随后再次对选定的ROI进行稳定化处理，以便于追踪。相关出版物：Mangukiya、Skeppås等，《重建胶质母细胞瘤侵袭的单细胞时空动态》，Nature Communications，2026年。引用方式：请将该数据集引用为：Mangukiya, H., Skeppås, M., et al. (2026). Reconstructing the single-cell spatiotemporal dynamics of glioblastoma invasion: GlioTrace example dataset. Zenodo. 10.5281/zenodo.21981544 联系方式：Madeleine Skeppås，madeleine.skeppas@igp.uu.se

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。