胶质母细胞瘤微环境空间多组学数据集

资源简介

胶质母细胞瘤微环境空间多组学数据集

该数据集题为“Genomic drivers shape the glioblastoma microenvironment in de novo genetic mouse models and human tumours — spatial multi-omics dataset”，属于肿瘤领域的脑肿瘤方向，由 Zenodo 提供，作者为 Kastner, Georg，发布时间为 2026 年。数据集收录了与 Kastner 等人研究配套的处理后空间转录组与空间蛋白组数据，覆盖遗传定义的小鼠胶质母细胞瘤模型，涉及 EGFRvIII 表达、Nf1 沉默与 PDGFB 过表达三种驱动背景。数据平台包括 10x Genomics Visium HD、10x Genomics Xenium 以及 NanoString GeoMx RNA/蛋白数据，样本按驱动类型与平台分别标注，主题涵盖胶质母细胞瘤、空间转录组、空间蛋白组、小鼠模型与肿瘤微环境，面向肿瘤微环境与空间多组学研究的公开使用。

【数据集背景】

胶质母细胞瘤是脑肿瘤中微环境高度异质的类型，基因驱动事件如何塑造肿瘤微环境是相关研究关注的核心问题。该数据集伴随 Kastner 等人的研究产生，依托遗传定义的小鼠胶质母细胞瘤模型，围绕 EGFRvIII 表达、Nf1 沉默和 PDGFB 过表达三类基因驱动背景，提供空间转录组与空间蛋白组层面的处理后数据，用于考察基因驱动与肿瘤微环境之间的空间关系。数据集同时涉及小鼠模型与人肿瘤主题，属于肿瘤/脑肿瘤分类下的空间多组学资源。

【数据内容】

数据由三个平台的处理后数据组成：10x Genomics Visium HD 共 4 例，样本 9309A 对应 PDGFB，9350B 对应 Nf1，9248A 对应 EGFRvIII，9259A 对应 EGFRvIII；10x Genomics Xenium 共 2 例，样本 9233A 对应 Nf1，9248A 对应 EGFRvIII；NanoString GeoMx RNA/蛋白数据共 12 例，其中 4 例为 EGFRvIII 表达、4 例为 Nf1 沉默、4 例为 PDGFB 过表达。数据内容覆盖空间转录组与空间蛋白组两类模态，样本标注与驱动类型一一对应，便于按平台和基因驱动背景组织分析。

【采集与来源】

数据来源站为 doi.org，存储与发布机构为 Zenodo，作者为 Kastner, Georg，发布时间为 2026 年。数据为配套 Kastner 等人研究的处理后空间转录组与空间蛋白组数据，涉及 10x Genomics Visium HD、10x Genomics Xenium 与 NanoString GeoMx RNA/蛋白三种技术平台，样本来自遗传定义的小鼠胶质母细胞瘤模型。更具体的样本制备、测序与处理流程源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于胶质母细胞瘤肿瘤微环境的空间分析，可按 Visium HD、Xenium 与 GeoMx 平台分别开展空间转录组与空间蛋白组研究；也可围绕 EGFRvIII 表达、Nf1 沉默、PDGFB 过表达三类驱动背景进行组间比较，考察基因驱动对微环境空间组织的影响。由于同时包含小鼠模型与人肿瘤主题，数据可用于模型与人类肿瘤相关的空间多组学对照分析场景。

【使用方法】

使用时可依据样本编号与驱动类型的对应关系组织数据：Visium HD 的 9309A、9350B、9248A、9259A 分别对应 PDGFB、Nf1、EGFRvIII、EGFRvIII；Xenium 的 9233A、9248A 分别对应 Nf1、EGFRvIII；GeoMx 的 12 例按 EGFRvIII 表达、Nf1 沉默、PDGFB 过表达各 4 例分组。数据为处理后数据，可直接用于空间转录组与空间蛋白组的分析流程。具体分析步骤与参数源站未提供。

【质量与限制】

数据为处理后数据，样本量按平台分别为 Visium HD 4 例、Xenium 2 例、GeoMx 12 例，各驱动背景在部分平台的样本数有限。数据基于遗传定义的小鼠胶质母细胞瘤模型，涉及 EGFRvIII 表达、Nf1 沉默与 PDGFB 过表达三种驱动背景。其他质量评估信息与使用限制源站未提供。

【引用与许可】

数据采用 Creative Commons Attribution 4.0 International 许可，使用时需按要求署名。作者为 Kastner, Georg，发布机构为 Zenodo，发布时间为 2026 年，来源站为 doi.org。具体引用格式源站未提供。