成人型弥漫性胶质瘤单细胞与空间转录组图谱

数据集获取

源站：https://cellxgene.cziscience.com/collections/384e373e-4db1-4605-812f-d9da7cfd246f

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

成人型弥漫性胶质瘤由IDH轴定义，但这一生物学特征如何限制恶性细胞状态谱系及其免疫调节潜力仍不清楚。我们利用scRNA-seq、snRNA-seq和空间转录组学对69例肿瘤进行了分析，解析出七种反复出现的恶性细胞状态：星形胶质细胞样祖细胞（ALPC）、缺氧、循环G1/S、循环G2/M、少突谱系、神经-少突谱系和神经谱系。IDH轴强烈偏倚细胞状态占据及恶性-免疫组成，IDH突变型肿瘤以分化谱系样状态为主且免疫细胞相对稀少，而胶质母细胞瘤（GBM）则表现为ALPC和缺氧状态扩增，同时髓系和淋系浸润增加。正交分析支持ALPC相关标志物在原位及患者来源的干性允许培养物中表达，与干性样、具有分化能力的恶性表型一致。状态分辨通路分析鉴定出GBM ALPC中富集的线粒体氧化磷酸化程序和细胞外基质重塑，以及GBM缺氧中富集的趋化相关程序。

基于组成受控的细胞-细胞相互作用建模，相较于富集APP/APOE–TREM2/TYROBP和MIF模块的IDH突变型核心，GBM中扩展推断出的恶性-髓系免疫调节与黏附界面被优先排序，包括TGFB和NECTIN模块以及SPP1–CD44/整合素相关信号传导。这些数据提示，IDH轴通过限制恶性状态库并偏向状态特异性代谢与免疫调节程序的部署，从而塑造胶质瘤行为。疾病：IDH野生型胶质母细胞瘤、星形细胞瘤IDH突变型2级、星形细胞瘤IDH突变型3级、星形细胞瘤IDH突变型4级、少突胶质细胞瘤IDH突变型且1p/19q共缺失2级、少突胶质细胞瘤IDH突变型且1p/19q共缺失3级。组织：脑。检测：10x 3’ v3。单细胞数据集（CZ CELLxGENE）。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。