3D微环境驱动胶质瘤基质体重塑与侵袭表型的复制数据

数据集获取

源站：https://doi.org/10.57903/uj/3lov6q

标准获取流程：

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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
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     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

该数据集旨在全面表征人胶质母细胞瘤（GBM）细胞在二维（2D）和三维（3D）培养模型中的表型、形态学、力学、功能和分子特性。本研究聚焦于两种人GBM细胞系LN229和U87，并将定量成像、形态计量学和生物力学分析与功能测定及分子谱分析相结合，以探究GBM细胞在不同培养构型下的细胞可塑性和功能特性。

该数据集包括：(A) LN229和U87细胞及3D球体的定量形态学和形态计量学表征，包括细胞和球体大小、面积、周长、形状和圆度的测量，以及基于图像的平面测量分析；(B) 基于原子力显微镜（AFM）的细胞和球体力学特性表征，包括杨氏模量和细胞/球体刚度的定量评估；© 细胞行为的功能分析，包括伤口愈合/划痕实验、小管形成和3D球体侵袭实验；(D) 通过定量PCR进行的基因表达分析，重点关注参与细胞黏附和细胞-基质相互作用的基因；(E) 对在2D和3D条件下培养的LN229和U87细胞进行蛋白质组学分析，随后对差异丰度蛋白质进行功能注释和富集分析，包括基于Gene Ontology的生物学过程和分子功能分析。

该蛋白质组数据集包含对丰度升高或降低的蛋白质的分析，并突出显示了与细胞黏附、细胞外基质相互作用、整合素结合、胶原结合、细胞迁移及细胞-基质黏附相关的过程。该数据集提供了对GBM细胞可塑性的多层次整合视角，将细胞和球体形态的变化与生物力学特性、迁移和侵袭行为以及细胞外基质相互作用联系起来。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。