10x Xenium 人类胶质母细胞瘤空间图谱数据

数据集获取

源站：https://doi.org/10.5281/zenodo.17622241

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据集大小约 37.13 GB。

数据说明

胶质母细胞瘤是一种侵袭性脑癌，治疗选择有限，患者生存率低，其部分原因在于肿瘤内广泛的细胞多样性。尽管单个细胞类型已被编目，但恶性细胞、血管细胞和免疫细胞在人类肿瘤内部的空间组织方式仍未被完全理解。在此，我们展示了一个空间分辨、多模态的人类胶质母细胞瘤图谱，该图谱整合了组织切片上的基因表达谱分析与亚细胞分辨率下匹配的单细胞和蛋白质测量。使用一个富集血管和基质标志物的靶向348基因面板，我们识别出先前未被认识、特征描述较少的內皮细胞、血管周细胞和成纤维细胞样细胞状态，并定义了它们与恶性细胞和免疫细胞区室的空间关联。我们进一步识别出一个局限于肿瘤核心和血管周区域的独特少突胶质细胞群体，其基因表达模式与肿瘤复发和不良临床结局相关。

这个公开可访问的图谱为研究胶质母细胞瘤的空间组织提供了一个高分辨率框架，并突出了可能代表治疗可靶向脆弱性的区域特异性细胞相互作用。由于大小限制，其余数据上传于此：图10x空间xenium的源数据：Bucket2、Bucket3 10x空间visium：Bucket 1、Bucket 2、Bucket 3、Bucket 4、Bucket 5、Bucket 6、Bucket 7、Bucket 8 空间转录组学与交互式浏览器 通过以下门户探索我们的空间转录组和单细胞数据集：空间数据集（Visium、Xenium、IHC；我们的队列与公共数据）可在以下网址获取：Amaranth Insights UCSC多组学GBM浏览器——一个用于探索整合多组学胶质母细胞瘤数据集的综合门户。代码与视频教程 所有分析代码和操作教程均可在GitHub上获取：👉 TSKGA Repository

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。