人类B细胞转录调控网络
肿瘤领域公开数据集,来源:figshare。

基本信息
资源简介
人类B细胞转录调控网络
【数据集背景】
本数据集源站标题为《Human B-cell transcriptional regulatory network》。源站首次发布:2013-05-21。
【数据内容】
源站原始描述:The human B-cell regulatory network was reverse engineered by the ARACNe algorithm (PMID 16723010) from 264 samples including normal (naive and greminal center B-cells), several tumor phnotypes (B-cell lymphomas) and cell lines. Gene expression was profiled on Affymetrix H-GU133Plus2 arrays, processed by the cleaner algorithm (PMID 20042104), and normalized with MAS5 (affy package from Bioconductor). The regulatory network (''regul'', 1,223 transcription factors regulating 13,007 target genes thro…
【数据结构与技术规格】
文件数 1 个,合计 32.09 MB。数据集 DOI:10.6084/m9.figshare.680888.v1。
【主题与分类】
源站学科分类:Bioinformatics and computational biology not elsewhere classified、Biochemistry and cell biology not elsewhere classified。主题标签:human、transcriptional、leukocyte、interactome、B-cell、Computational Biology、Cell Biology。
【适用方向】
源站学科分类标注为 Bioinformatics and computational biology not elsewhere classified、Biochemistry and cell biology not elsewhere classified。
【获取与许可】
源站页面:https://figshare.com/articles/dataset/Human_B_cell_transcriptional_regulatory_network/680888
使用许可:CC BY 4.0(https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/)。
规范引用:Alvarez, Mariano (2013). Human B-cell transcriptional regulatory network. figshare. Dataset
【使用注意】
· 源站最后修改于 2023-06-04,引用时请注意版本时效。
下载信息
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使用方式
数据集获取(Figshare)
源站:https://figshare.com/articles/dataset/Human_B_cell_transcriptional_regulatory_network/680888
按页面 Download 按钮获取。
数据说明
该数据集是一个人类B细胞转录调控网络,通过ARACNe算法(PMID 16723010)从264个样本中逆向构建而成。样本包括正常B细胞(初始和生发中心B细胞)、多种肿瘤表型(B细胞淋巴瘤)以及细胞系。基因表达数据使用Affymetrix H-GU133Plus2芯片平台进行检测,经过cleaner算法(PMID 20042104)处理,并通过Bioconductor的affy包中的MAS5方法进行标准化。数据集包含两个主要部分:调控网络(包含1,223个转录因子调控13,007个靶基因的327,837个相互作用)以及用于构建该网络的基因表达数据集(包含264个样本×13,007个探针集)。该数据主要用于研究B细胞在正常和肿瘤状态下的转录调控机制,为淋巴瘤等疾病的分子机制研究和潜在治疗靶点发现提供支持。
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