RAD51 BRC重复序列复合物研究的AlphaFold模型、丙氨酸扫描、MD模拟及源实验数据

数据集获取

源站：https://doi.org/10.5281/zenodo.23190171

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据集大小约 40.22 GB。

数据说明

在本资料库中，我们提供了N端截短型和全长RAD51与BRC重复序列复合物的Alphafold模拟，这些模拟用于计算和实验（SAXS和XL-MS）研究。此外，我们还提供了连接BRC重复序列区域的Calvados模拟，以及RAD51-CAM833复合物的AlphaFold3模型。通过Desmond MD引擎进行RAD51 C端与BRC4、2、7和5复合物的MD模拟所需的输入文件，以及相应的生成轨迹（以xtc格式提供，并已去除溶剂以限制文件大小）一并分享。用于残基扫描的输入结构（从与BRC4的MD模拟中提取）、执行该扫描的命令及输出文件也已共享。我们提供了一个Jupyter笔记本，用于重现MD模拟和残基扫描的所有分析及相应的图表。最后，本资料库还存储了Rinaldi Francesco及其同事发表的相关研究中报告的源数据文件。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。