自噬失调参与肛门癌发生
该数据集来自 plos.figshare.com，配套论文发表于 PLoS ONE（2012 年），聚焦 HPV 相关肛门鳞状上皮内瘤变的 DNA 甲基化谱
基本信息
资源简介
自噬失调参与肛门癌发生
DNA Methylation Profiling across the Spectrum of HPV-Associated Anal Squamous Neoplasia
该数据集来自 plos.figshare.com，配套论文发表于 PLoS ONE（2012 年），聚焦 HPV 相关肛门鳞状上皮内瘤变的 DNA 甲基化谱。研究纳入 24 例患者的 29 份福尔马林固定石蜡包埋样本，包括癌旁组织学正常肛门黏膜、原位癌和浸润性鳞状细胞癌，并采用 SFP10 LiPA HPV 分型系统检测 HPV。数据含 2 个文件（Figure_S1.tif、Table_S1.doc），可用于探索肛门鳞状肿瘤发生过程中的表观遗传改变及 HPV 关联分析（来源 figshare，CC BY 4.0 许可）。
【数据集背景】
配套论文《DNA Methylation Profiling across the Spectrum of HPV-Associated Anal Squamous Neoplasia》发表于 PLoS ONE（2012），DOI：10.1371/journal.pone.0050533。源站首次发布：2012-11-30。
【数据内容】
源站描述（机器翻译，仅供参考）：背景：宿主肿瘤基因组 DNA 甲基化模式的改变是与 HPV 相关癌变有关的分子改变之一。然而，专门与肛门鳞状细胞癌（SCC）发生相关的表观遗传改变所知甚少。我们试图在肛门鳞状上皮内瘤变的整个谱系中刻画广泛的甲基化谱。方法/主要发现：评估了来自 24 例患者的 29 份福尔马林固定石蜡包埋样本，包括癌旁组织学正常肛门黏膜（NM；n = 3）、原位癌（SCC-IS；n = 11）和浸润性 SCC（n = 15）。研究纳入 13 名女性和 11 名男性，中位年龄 44 岁（范围 26–81）。使用 SFP10 LiPA HPV 分型系统，所有患者的至少一份组织中都检测到 HPV，其中 93%（27/29）为高危 HPV 型阳性，15 例中有 14 例（93%）
【数据结构与技术规格】
文件数 2 个，合计 2.49 MB。数据集 DOI：10.1371/journal.pone.0050533。
【主题与分类】
源站学科分类：Cancer、Medicine、Developmental Biology。主题标签：dna、methylation、profiling、hpv-associated、anal、squamous、neoplasia。本站分类：肿瘤/肛门癌。
【适用方向】
源站学科分类标注为 Cancer、Medicine、Developmental Biology。
【获取与许可】
源站页面：https://plos.figshare.com/articles/dataset/DNA_Methylation_Profiling_across_the_Spectrum_of_HPV_Associated_Anal_Squamous_Neoplasia__/116807
使用许可：CC BY 4.0（https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/）。
规范引用：M. Hernandez, Jonathan; M. Siegel, Erin; Riggs, Bridget; Eschrich, Steven; Elahi, Abul; Qu, Xiaotao; et al. (2016). DNA Methylation Profiling across the Spectrum of HPV-Associated Anal Squamous Neoplasia. PLOS ONE. Dataset
【使用注意】
· 源站最后修改于 2023-06-01，引用时请注意版本时效。
下载信息
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使用方式
数据集获取（Figshare）
- 源站标题：DNA Methylation Profiling across the Spectrum of HPV-Associated Anal Squamous Neoplasia
- DOI：10.1371/journal.pone.0050533
- 发布日期：2012-11-30
- 文件数：2 个
- 文件总体积：2.49 MB
- 源站页面：https://plos.figshare.com/articles/dataset/DNA_Methylation_Profiling_across_the_Spectrum_of_HPV_Associated_Anal_Squamous_Neoplasia__/116807
命令行下载
curl -L -o "Figure_S1.tif" "https://ndownloader.figshare.com/files/288424"
curl -L -o "Table_S1.doc" "https://ndownloader.figshare.com/files/288558"
文件清单
Figure_S1.tif（2.22 MB）Table_S1.doc（273.41 KB）
文件总体积 2.49 MB（源站 API 实测）。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
数据说明
背景
宿主肿瘤基因组DNA甲基化模式的改变是与HPV相关癌变有关的分子改变之一。然而，专门与肛门鳞状细胞癌（SCC）发生相关的表观遗传学改变知之甚少。我们试图表征肛门鳞状肿瘤谱系的广泛甲基化谱。方法/主要发现
评估了来自24例患者的29份福尔马林固定石蜡包埋样本，包括相邻组织学正常的肛门黏膜（NM；n=3）、原位SCC（SCC-IS；n=11）和浸润性SCC（n=15）。研究纳入13名女性和11名男性，中位年龄44岁（范围26–81）。使用SFP10 LiPA HPV分型系统，在所有患者的至少一份组织中检测到HPV，其中93%（27/29）为高危HPV型阳性，15份浸润性SCC组织中有14份（93%）检测为HPV 16阳性。使用Illumina GoldenGate甲基化芯片检测经亚硫酸氢盐修饰的DNA在代表807个基因的1，505个CpG位点的甲基化情况。
在比较从正常肛管黏膜和SCC-IS进展为浸润性SCC的过程中，代表20个基因的22个CpG位点显示出显著的差异性甲基化（p结论
我们已鉴定出一组在肛门HPV相关鳞状肿瘤谱系中呈现差异性甲基化的CpG位点。据我们所知，这是首次报道将大规模高通量甲基化分析应用于肛门肿瘤研究。我们的发现支持进一步探究宿主基因组甲基化在HPV相关肛门癌变中的作用，这对于改进诊断和筛查策略具有重要意义。
许可
CC BY 4.0
引用
学术使用请引用 DOI 10.1371/journal.pone.0050533（source: https://plos.figshare.com/articles/dataset/DNA_Methylation_Profiling_across_the_Spectrum_of_HPV_Associated_Anal_Squamous_Neoplasia__/116807）。
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