CN、CN/AML及CN/AML BAALC KO iPSCs来源HSPCs的RNA-seq

数据可用于比较不同遗传背景下的基因表达差异,研究BAALC敲除对CN/AML相关造血干祖细胞转录组的影响,支持差异表达分析与急性髓系白血病相关机制探索(来源 ebi.ac.uk)

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基因组分类Differential
E-MTAB-10162: RNA-seq of CN, CN/AML, and CN/AML BAALC KO iPSCs-derived HSPCs

基本信息

模态
基因组
任务类型
分类
创建/更新时间
2026-10-09

资源简介

CN、CN/AML及CN/AML BAALC KO iPSCs来源HSPCs的RNA-seq

E-MTAB-10162 是一个来源于 ebi.ac.uk 的表达谱实验数据集,全称为 RNA-seq of CN, CN/AML, and CN/AML BAALC KO iPSCs-derived HSPCs。该数据集属于肿瘤 / 急性髓系白血病分类,主题标签为 Differential,属于 Expression Atlas 中的差异表达实验。研究物种为 Homo sapiens。数据集围绕 CN、CN/AML 以及 CN/AML BAALC KO 三种遗传背景下的 iPSCs 衍生造血干祖细胞(HSPCs)开展 RNA-seq,可用于比较不同遗传背景下的基因表达差异,研究 BAALC 敲除对 CN/AML 相关造血干祖细胞转录组的影响,并支持差异表达分析与急性髓系白血病相关机制探索。

【数据集背景】

该数据集来自 ebi.ac.uk,属于 Expression Atlas 实验中的 Differential 类型。其研究对象为 Homo sapiens,聚焦于 CN、CN/AML 以及 CN/AML BAALC KO 三类 iPSCs 衍生 HSPCs。急性髓系白血病是肿瘤领域的重要研究方向,而该数据集以 CN/AML 为背景,结合 BAALC 敲除条件,为在转录组层面观察遗传背景改变和特定基因敲除后的表达变化提供了数据基础。源站描述明确指出该实验为 RNA-seq of CN, CN/AML, and CN/AML BAALC KO iPSCs-derived HSPCs,说明其核心设计是比较不同遗传背景和 BAALC 敲除状态下的造血干祖细胞表达谱。

【数据内容】

数据集包含 CN、CN/AML 和 CN/AML BAALC KO 三类样本的 RNA-seq 数据。其主题标签为 Differential,表明数据可用于差异表达分析。通过比较不同组别,可以观察不同遗传背景下的基因表达差异,并研究 BAALC 敲除对 CN/AML 相关造血干祖细胞转录组的影响。数据内容围绕 iPSCs 衍生的 HSPCs 展开,涉及 CN、CN/AML 以及 CN/AML BAALC KO 三种条件。源站未提供样本数量、测序深度、具体基因列表或差异表达结果等更细粒度信息。

【采集与来源】

该数据集来源于 ebi.ac.uk,属于 Expression Atlas experiment (Differential)。物种为 Homo sapiens。源站描述为 RNA-seq of CN, CN/AML, and CN/AML BAALC KO iPSCs-derived HSPCs。除上述来源与物种信息外,源站未提供具体的采集时间、采集地点、实验操作流程、建库方法或测序平台等细节。

【适用场景】

该数据集可用于比较不同遗传背景下的基因表达差异,研究 BAALC 敲除对 CN/AML 相关造血干祖细胞转录组的影响,支持差异表达分析与急性髓系白血病相关机制探索。具体而言,适合围绕 CN、CN/AML 和 CN/AML BAALC KO 三组样本开展转录组比较,分析 BAALC 敲除后表达谱的变化,并用于急性髓系白血病相关机制的探索性研究。源站未提供该数据集在其他具体应用场景中的使用说明。

【使用方法】

源站未提供具体的使用方法说明。该数据集属于 Expression Atlas 中的 Differential 实验,通常可结合差异表达分析流程使用,但源站未提供下载方式、分析步骤、软件参数或代码示例等信息。

【质量与限制】

源站未提供该数据集的质量评估信息,包括测序质量、重复数、批次效应控制或数据完整性等。源站也未提供使用限制、样本纳入排除标准或潜在偏倚说明。由于缺少这些信息,无法对数据质量与局限性作出进一步判断。

【引用与许可】

源站未提供该数据集的引用方式与许可信息。

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使用方式

数据集获取

源站:https://ebi.ac.uk/gxa/experiments/E-MTAB-10162

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

Expression Atlas experiment (Differential). Species: Homo sapiens. RNA-seq of CN, CN/AML, and CN/AML BAALC KO iPSCs-derived HSPCs

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