E-GEOD-55123:未处理和Aza处理的AML3细胞的表达数据

数据内容为未处理和Aza处理的AML3细胞的表达数据,可用于比较两种条件下基因表达差异,支持急性髓系白血病相关研究中的差异表达分析、标志物筛选及处理效应评估(来源 ebi.ac.uk)

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基因组分类Differential
E-GEOD-55123: Expression data from untreated and Aza treated AML3 cells

基本信息

模态
基因组
任务类型
分类
创建/更新时间
2026-10-07

资源简介

E-GEOD-55123:未处理和Aza处理的AML3细胞的表达数据

E-GEOD-55123 是一个面向肿瘤研究领域的基因表达数据集,其英文全称为 Expression data from untreated and Aza treated AML3 cells。该数据集收录于 EBI(ebi.ac.uk)来源站,属于 Expression Atlas 中的差异表达实验(Differential),物种为 Homo sapiens。数据集的核心内容是比较未处理与 Aza 处理条件下 AML3 细胞的基因表达情况,主题标签为 Differential。整体而言,该数据集围绕急性髓系白血病(AML)相关细胞模型,提供两种实验条件下表达谱的对照信息,可用于观察处理前后基因表达的变化趋势,并为差异表达分析、标志物筛选以及处理效应评估等研究提供数据基础。

【数据集背景】

该数据集归属于肿瘤 / 急性髓系白血病这一分类方向。急性髓系白血病是一种涉及髓系造血细胞异常增殖的恶性疾病,相关研究常需要借助细胞模型和表达谱数据来理解疾病机制及药物处理后的分子响应。E-GEOD-55123 以 AML3 细胞为研究对象,设置未处理与 Aza 处理两种条件,旨在通过表达数据反映两种状态之间的差异。其来源站为 ebi.ac.uk,属于 Expression Atlas 实验数据,实验类型标注为 Differential,即差异表达实验。该背景信息表明,该数据集并非单纯的基线表达谱,而是围绕处理与未处理的对照设计展开,适合用于比较分析。

【数据内容】

数据内容为未处理和 Aza 处理的 AML3 细胞的表达数据。数据集英文名称直接体现了这一内容:Expression data from untreated and Aza treated AML3 cells。从主题标签“Differential”可以看出,该数据集的核心价值在于差异表达层面的信息,即通过比较未处理与 Aza 处理两种条件,识别基因表达上的变化。该数据可用于比较两种条件下基因表达差异,支持急性髓系白血病相关研究中的差异表达分析、标志物筛选及处理效应评估。数据涉及物种为 Homo sapiens,样本材料为 AML3 细胞。除上述信息外,关于具体基因数量、样本重复数、表达值范围、差异倍数阈值等细节,源站未提供。

【采集与来源】

该数据集来源于 ebi.ac.uk,是 Expression Atlas 中的一个实验(Differential)。源站描述指出,其物种为 Homo sapiens,内容为未处理和 Aza 处理的 AML3 细胞的表达数据。来源站信息还表明该实验属于差异表达类型,主题标签为 Differential。关于具体的采集平台、测序或芯片技术、实验操作流程、样本制备方法、处理浓度与处理时间等信息,源站未提供。因此,在采集与来源方面,可确认的是数据由 EBI 的 Expression Atlas 收录,并以差异表达实验的形式呈现,其余实验细节暂无更多说明。

【适用场景】

根据数据内容与主题标签,该数据集适用于急性髓系白血病相关研究中的差异表达分析、标志物筛选及处理效应评估。具体而言,研究人员可以利用未处理与 Aza 处理 AML3 细胞之间的表达数据,比较两种条件下基因表达水平的差异,进而探索处理引起的分子变化。在标志物筛选方面,该数据可用于寻找与处理响应相关的候选基因;在处理效应评估方面,可用于观察 Aza 处理对 AML3 细胞表达谱的影响。此外,该数据集也可作为急性髓系白血病细胞模型研究中的参考数据,用于差异表达分析相关的验证或探索性分析。除上述场景外,源站未提供其他具体应用说明。

【使用方法】

该数据集以 Expression Atlas 实验(Differential)的形式提供,来源站为 ebi.ac.uk。使用者可通过该来源站获取数据集相关信息。关于具体的数据下载方式、文件格式、数据处理流程、归一化方法、分析工具或代码示例,源站未提供。因此,在使用方法方面,仅能确认其作为差异表达实验数据可供获取和参考,具体操作步骤与技术要求暂无更多说明。

【质量与限制】

该数据集来自 ebi.ac.uk 的 Expression Atlas,属于差异表达实验,物种为 Homo sapiens,内容为未处理和 Aza 处理的 AML3 细胞的表达数据。关于数据质量评估指标、样本量、重复数、批次效应、数据完整性、噪声水平、验证情况等,源站未提供。由于这些关键质量信息缺失,使用者在解释差异表达结果时需谨慎。此外,该数据集仅涉及 AML3 细胞在未处理与 Aza 处理两种条件下的表达数据,其结论是否可推广至其他细胞系、其他处理条件或其他疾病模型,源站未提供相关说明。因此,在质量与限制方面,除来源与实验类型外,暂无更多可确认的内容。

【引用与许可】

关于该数据集的引用方式、许可协议、使用限制、版权信息或授权要求,源站未提供。使用者如需引用或使用该数据集,应自行查阅来源站 ebi.ac.uk 上的相关说明,以确认具体的引用格式与许可条件。

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使用方式

数据集获取

源站:https://ebi.ac.uk/gxa/experiments/E-GEOD-55123

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

Expression Atlas experiment (Differential). Species: Homo sapiens. Expression data from untreated and Aza treated AML3 cells

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