Beat AML 2.0数据集
BeatAML2 是整合扩展后的AML队列，包含患者临床信息、基因组、转录组和体外药物反应数据。由Oregon Health & Science University提供，来自BeatAML2 Project Page，包含多种数据模态，包含942条数据记录，适用于分类任务，专注于肿瘤领域的急性髓系白血病研究。
基本信息
资源简介
Beat AML 2.0数据集
【一句话概览】
急性髓系白血病治疗选择有限。本研究在既往将体外药物敏感性与基因组、转录组及临床注释结合的基础上，发布新数据集，与初始报告协调后形成累计805例患者、942份样本的队列，显示较强的跨队列验证并发现新的药物反应特征。转录组解卷积表明，药物敏感性在很大程度上由AML细胞分化状态决定，有时会条件性影响其他反应相关因素。临床结局建模发现，PEAR1基因是患者生存的最强预测因子之一，尤其对年轻患者。该报告扩展了功能基因组资源，为机制探索、药物开发及AML结局预测提供了新工具（来源 biodev.github.io）。
【数据集背景】
本数据集源站标题为《BeatAML2》。
【数据内容】
源站原始描述：Integrative Analysis of Drug Response and Clinical Outcome in Acute Myeloid Leukemia Acute myeloid leukemia (AML) is a cancer of myeloid-lineage cells with limited therapeutic options. We previously combined ex vivo drug sensitivity with genomic, transcriptomic, and clinical annotations for a large cohort of AML patients, which facilitated discovery of functional genomic correlates. Here, we present a new dataset, which has been harmonized with our initial report to yield a cumulative cohort of…
中文译文（机器翻译，仅供快速理解，请以原文为准）：急性髓系白血病中药物反应与临床结局的整合分析 急性髓系白血病（AML）是一种源自髓系细胞的癌症，治疗选择有限。我们此前将大量AML患者队列的离体药物敏感性与基因组、转录组及临床注释相结合，促进了功能性基因组相关性的发现。在此，我们呈现了一个新的数据集，该数据集已与我们的初步报告进行协调统一，形成了一个累计805名患者（942份标本）的队列。我们展示了强烈的跨队列验证，并识别出药物反应的新特征。此外，对转录组数据的解卷积显示，药物敏感性广泛受AML细胞分化状态调控，有时会条件性地影响其他反应相关因素。最后，临床结局建模揭示，单一基因PEAR1是患者生存的最强预测因子之一，尤其对于年轻患者。总之，本报告扩展了一项大型功能性基因组资源，为机制探索和药物开发提供了新途径，并揭示了预测AML结局的新工具。
【主题与分类】
主题标签：Acute Myeloid Leukemia、AML、drug response、clinical outcome、genomic、transcriptomic、ex vivo drug sensitivity、WES、targeted sequencing、RNA sequencing。
【适用方向】
多模态数据适合跨模态对齐、融合建模与联合表征学习方向的研究。
【获取与许可】
源站页面：https://biodev.github.io/BeatAML2/
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://biodev.github.io/BeatAML2/
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
BeatAML2 是整合扩展后的AML队列，包含患者临床信息、基因组、转录组和体外药物反应数据。
数据加载示例（表格/文本类）
import pandas as pd, glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.csv"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tsv"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.xlsx"), recursive=True))
print("数据文件:", files)
df = pd.read_csv(files[0])
print(df.shape); print(df.columns.tolist()); print(df.head(3))
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