机器学习整合大数据用于急性髓系白血病精准医学 [RNA-Seq]

基于急性髓系白血病RNA-Seq数据的机器学习方法,用于识别分子标记和预测药物敏感性,推动精准医学。

University of WashingtonUniversity of Washington
干细胞与再生医学数据中心
2022-02-20 更新
浏览 37
基因组急性髓系白血病基因组
A machine learning approach to integrate big data for precision medicine in acute myeloid leukemia [RNA-Seq]

基本信息

模态
基因组
许可
openSource
创建/更新时间
2022-02-20

资源简介

机器学习整合大数据用于急性髓系白血病精准医学 [RNA-Seq]

【数据集背景】

本数据集源站标题为《A machine learning approach to integrate big data for precision medicine in acute myeloid leukemia [RNA-Seq]》。源站首次发布:2022-02-20。

【数据内容】

源站原始描述:We demonstrate a promising approach to identify robust molecular markers for targeted treatment of acute myeloid leukemia. We show that our method outperforms several state-of-the-art approaches in identifying molecular markers replicated in validation data and predicting drug sensitivity accurately.Finally, we identify SMARCA4 as a marker and driver of sensitivity to topoisomerase II inhibitors, mitoxantrone and etoposide, in AML by showing that cell lines transduced to have high SMARCA4 expres…

【适用方向】

组学数据适用于生物标志物发现与分子分型相关建模研究。

【获取与许可】

源站页面:http://data.iscr.ac.cn/Article?id=ca217986840ed4752ff3727dd9ffbc0e

使用许可:openSource。

规范引用:PMID: 29298978

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    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据加载示例(表格/文本类)

import pandas as pd, glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.csv"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tsv"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.xlsx"), recursive=True))
print("数据文件:", files)
df = pd.read_csv(files[0])
print(df.shape); print(df.columns.tolist()); print(df.head(3))

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