TARGET急性淋巴细胞白血病一期数据集
包含高危儿童B-ALL病例的基因组、表达谱、拷贝数和临床注释数据。由National Cancer Institute提供，来自dbGaP，数据格式为表格，包含189条数据记录，适用于分类任务，专注于肿瘤领域的急性淋巴细胞白血病研究。
基本信息
资源简介
TARGET急性淋巴细胞白血病一期数据集
【一句话概览】
TARGET急性淋巴细胞白血病（ALL）数据集试点阶段（一期）包含189例完整表征的患者病例，每例均有基因表达、肿瘤与配对正常样本的拷贝数分析，以及至少一种测序（Sanger和/或下一代测序）数据。另有230例具备部分分子表征和/或测序数据，包括全基因组测序、mRNA-seq和/或激酶组测序，均可通过TARGET数据矩阵的病例矩阵进行筛选。受试者总数为289例。更多信息请访问TARGET网站（来源 NCBI）。
【数据集背景】
本数据集源站标题为《TARGET: Acute Lymphoblastic Leukemia (ALL) Pilot Phase 1》。
【数据内容】
源站原始描述：There are 189 fully characterized patient cases that make up the pilot phase (Phase I) of the TARGET ALL dataset, each with gene expression, tumor and paired normal copy number analyses, and at least one type of sequencing (Sanger and/or next-generation) data available. There are 230 cases with partial molecular characterization and/or sequencing data available, to include whole genome sequencing, mRNA-seq and/or kinome sequencing; all of which can be sorted via the Case Matrix on the TARGET Dat…
中文译文（机器翻译，仅供快速理解，请以原文为准）：TARGET ALL数据集的试点阶段（第一阶段）由189个经过充分表征的患者病例组成，每个病例都具备基因表达、肿瘤及配对正常样本的拷贝数分析，以及至少一种测序（Sanger和/或下一代测序）数据。另有230个病例拥有部分分子特征描述和/或测序数据，包括全基因组测序、mRNA-seq和/或激酶组测序；所有这些数据均可通过TARGET数据矩阵上的病例矩阵进行筛选。欲了解更多关于此项目及其他TARGET基因组学项目的信息，请访问TARGET网站http://ocg.cancer.gov/programs/target。有关共享任何TARGET子研究数据的最新详情，请参阅OCG网站上的TARGET出版指南。
【主题与分类】
主题标签：Acute Lymphoblastic Leukemia、ALL、TARGET、Pediatric、Tumor vs. Matched-Normal、Cohort、gene expression、copy number、sequencing、whole genome sequencing。
【适用方向】
结构化表格数据可直接用于统计建模、特征工程与队列分析。
【获取与许可】
源站页面：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/gap/cgi-bin/study.cgi?study_id=phs000463.v19.p8
下载信息
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需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
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使用方式
数据集获取
源站：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/gap/cgi-bin/study.cgi?study_id=phs000463.v19.p8
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
包含高危儿童B-ALL病例的基因组、表达谱、拷贝数和临床注释数据。
数据加载示例（表格/文本类）
import pandas as pd, glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.csv"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tsv"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.xlsx"), recursive=True))
print("数据文件:", files)
df = pd.read_csv(files[0])
print(df.shape); print(df.columns.tolist()); print(df.head(3))
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