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创建/更新时间

2026-10-22

资源简介

PRJNA695200：弓形虫感染小鼠巨噬细胞的转录组分析揭示MyD88存在与缺失下的编码与非编码特征

PRJNA695200 数据集来自 NCBI，主题为弓形虫感染小鼠骨髓来源巨噬细胞的转录组学分析，属于 RNA 测序原始序列数据。该数据集围绕高毒力 Type I RH 株与低毒力 Type II PTG 株感染小鼠骨髓来源巨噬细胞（BMDM）的条件展开，并涉及 MyD88 存在与缺失背景下宿主及寄生虫的转录响应。数据集在站内归类于肌肉骨骼系统疾病 / 其他类别，主题标签为 Raw sequence reads，可为研究弓形虫与宿主巨噬细胞早期相互作用、先天免疫信号通路以及虫株毒力差异相关的转录特征提供原始测序数据基础。

【数据集背景】

弓形虫是一种全球分布的原生动物寄生虫，可在人体内建立终生无症状感染，并在免疫缺陷状态下常作为危及生命的机会性病原体出现。作为胞内微生物，弓形虫从感染伊始便与宿主细胞建立密切关系。巨噬细胞是感染靶细胞，在早期先天免疫以及寄生虫在宿主体内播散中具有重要作用。该研究采用 RNA 测序方法，鉴定小鼠骨髓来源巨噬细胞感染过程中宿主与寄生虫的转录响应，并纳入高毒力 Type I RH 株和低毒力 Type II 株 PTG 的感染条件。由于已知的 TLR-MyD88 信号轴在人类中可能重要性较低，研究还考察了 MyD88 存在与缺失条件下的转录响应。

【数据内容】

该数据集属于 RNA 测序原始序列数据，主题标签为 Raw sequence reads。数据覆盖弓形虫感染小鼠骨髓来源巨噬细胞的转录组测序，涉及高毒力 Type I RH 株与低毒力 Type II PTG 株两种感染条件，并包含 MyD88 存在与缺失背景下的宿主及寄生虫转录响应信息。数据可用于分析感染过程中宿主细胞与寄生虫双方的转录变化，比较不同虫株毒力背景下的表达特征，以及考察 MyD88 依赖与非依赖的转录差异。关于样本数量、测序平台、读长、数据量等具体技术参数，源站未提供。

【采集与来源】

数据来源于 ncbi.nlm.nih.gov。研究以小鼠骨髓来源巨噬细胞（BMDM）为感染模型，采用 RNA 测序方法获取转录组原始序列数据。实验设计涵盖高毒力 Type I RH 株与低毒力 Type II PTG 株感染，并涉及 MyD88 存在与缺失的条件比较。源站描述指出，研究旨在识别感染期间宿主和寄生虫的转录响应。关于样本采集地点、时间、伦理审批信息及具体建库方法，源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于弓形虫感染宿主巨噬细胞转录组研究，可用于分析感染早期宿主先天免疫相关转录响应、比较 Type I RH 株与 Type II PTG 株感染下的宿主及寄生虫转录特征、考察 MyD88 存在与缺失对转录响应的影响，以及开展宿主—寄生虫相互作用的转录组学探索。也可作为 RNA 测序原始序列数据，用于相关转录组分析流程的复现或方法学参考。关于该数据集在特定疾病模型或临床场景中的直接应用，源站未提供。

【使用方法】

该数据集以原始序列读段形式提供，使用时可从 NCBI 获取原始测序数据，按照 RNA 测序常规分析流程进行质量控制、比对、转录本定量与差异表达分析，并分别针对宿主与寄生虫转录本开展注释和比较。分析设计可围绕虫株类型（Type I RH 与 Type II PTG）以及 MyD88 存在与缺失条件进行分组比较。关于具体的分析参数、参考基因组版本及推荐流程，源站未提供。

【质量与限制】

该数据集为 RNA 测序原始序列数据，使用前需进行必要的质量控制与预处理。数据基于小鼠骨髓来源巨噬细胞感染模型，涉及高毒力 Type I RH 株与低毒力 Type II PTG 株，并包含 MyD88 存在与缺失条件；研究背景提示 TLR-MyD88 信号轴在人类中的重要性可能较低，因此结果外推到人类时需谨慎。关于数据质量评分、污染评估、样本重复数及批次信息，源站未提供。

【引用与许可】

该数据集来自 NCBI，源站未提供具体引用文献信息与许可条款。使用时应遵循 NCBI 数据使用与引用规范，并参考源站页面获取最新引用与许可要求。

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/Traces/study?acc=PRJNA695200

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数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA695200

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

刚地弓形虫是一种全球分布的原生动物寄生虫，可在人体内建立终生无症状感染，并常在免疫缺陷期间作为危及生命的机会性病原体出现。作为一种胞内微生物，弓形虫从感染伊始便与宿主细胞建立密切关系。巨噬细胞是感染的靶细胞，在早期先天免疫中具有重要作用，并可能参与寄生虫在宿主体内的播散。在此，我们采用RNA测序方法鉴定小鼠骨髓来源巨噬细胞（BMDM）感染过程中的宿主和寄生虫转录反应。我们的分析纳入了高毒力I型RH株和低毒力II型PTG株的感染。由于已知的TLR-MyD88信号轴在人类中可能不那么重要，我们检测了MyD88+/+和MyD88-/- BMDM中的转录反应。长链非编码（lnc）RNA分子正逐渐成为感染和免疫中的关键调控因子，因此也被纳入我们的分析。

我们发现，宿主基因对高毒力RH株的差异表达反应显著多于低毒力PTG株（RH株和PTG株分别有335个和74个蛋白编码基因差异表达）。这些蛋白编码基因中富集了与免疫应答以及细胞黏附和迁移相关的亚群。我们分别鉴定出249个和83个非编码RNA在RH株和PTG株感染过程中差异表达。尽管其中大多数功能未知，但一个名为mir17hg的保守lncRNA编码mir17 microRNA基因簇，该基因簇已被认为在弓形虫感染过程中下调宿主细胞凋亡。MyD88敲除细胞与野生型细胞之间仅有极少数转录本差异表达。然而，若干免疫基因位列差异之中。虽然寄生虫分泌蛋白的转录本是一个

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别