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创建/更新时间

2026-10-20

资源简介

PRJNA1541423：枯草芽孢杆菌DSM 29784与植物源复配添加剂联合补充对肉鸡微生物组-肠-骨轴的调控

该数据集为 NCBI BioProject 收录的研究项目，编号 1541423，英文名称为“Combined Dietary Supplementation with Bacillus subtilis DSM 29784 and a Phytogenic Blend Modulates the Microbiome-Gut-Bone Axis in Broiler Chickens”。从名称可以看出，该研究关注的是肉鸡在联合补充枯草芽孢杆菌 DSM 29784 与一种植物源复配添加剂后，其微生物组—肠—骨轴所发生的变化。数据集在站内被归类于肌肉骨骼系统疾病 / 其他类别，主题标签为“Raw sequence reads”，说明其核心数据形式为原始序列读长。整体而言，这是一个围绕膳食补充干预与肉鸡肠道微生物及骨骼生理关联的生物学研究项目，适合对微生物组、肠道健康与骨骼代谢交叉领域感兴趣的科研人员参考。

【数据集背景】

该数据集来源于 NCBI BioProject，源站标题为“ID 1541423 - BioProject - NCBI”。BioProject 是 NCBI 提供的一种项目集合机制，用于汇集与某一项单一研究计划相关的各类生物学数据，这些数据可能来自单一机构或联合体。一个 BioProject 记录为用户提供了一个统一入口，以便查找该项目所产生的多种数据类型。本数据集即属于此类项目记录，其研究主题聚焦于肉鸡在联合补充枯草芽孢杆菌 DSM 29784 与植物源复配添加剂后，微生物组—肠—骨轴所受到的调控作用。

【数据内容】

该数据集的主题标签为“Raw sequence reads”，表明其包含的数据类型为原始序列读长。这些原始序列读长通常来自高通量测序，可用于后续的微生物组组成分析、功能注释或差异丰度比较等。数据集本身围绕“微生物组—肠—骨轴”这一研究框架展开，涉及膳食补充干预对肉鸡肠道微生物群落以及骨骼相关指标的可能影响。除原始序列读长这一标签外，源站未提供更细化的数据内容描述，例如具体样本数量、测序平台、读长长度或目标区域等信息。

【采集与来源】

该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，属于 NCBI 的 BioProject 数据库。项目编号为 1541423，英文名称已明确指向一项关于肉鸡联合膳食补充的研究。源站描述指出，BioProject 记录本身并不直接包含所有实验细节，而是提供指向该项目所生成各类数据的链接。因此，该数据集的采集与来源信息应理解为：由相关研究组织或联合体提交至 NCBI BioProject 数据库，并以项目记录的形式对外公开。关于样本采集地点、时间、肉鸡品种、饲养条件或测序机构等具体采集信息，源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于微生物组学、动物营养学、肠道健康与骨骼代谢交叉领域的研究。具体而言，可被用于分析枯草芽孢杆菌 DSM 29784 与植物源复配添加剂联合补充对肉鸡肠道微生物群落结构的影响，也可用于探索微生物组变化与肠道及骨骼生理指标之间的潜在关联。由于主题标签为原始序列读长，该数据适合作为二次分析的起点，例如重新进行微生物多样性分析、功能预测或与其他肉鸡微生物组数据集进行比较研究。此外，对“微生物组—肠—骨轴”这一概念感兴趣的科研人员，也可将该数据集作为该方向的一个具体研究案例加以参考。

【使用方法】

使用者可通过 NCBI BioProject 数据库，以项目编号 1541423 进行检索，访问该项目的记录页面。BioProject 记录提供指向该项目所生成各类数据的链接，用户可据此进一步获取原始序列读长数据。具体的数据下载方式、文件格式、分析流程或推荐工具，源站未提供。使用者在获取原始序列读长后，可根据自身研究目的选择相应的生物信息学分析流程，例如序列质量控制、拼接、比对或分类学注释等。由于源站未提供详细的使用指南，建议使用者结合 NCBI 相关文档及常规微生物组分析实践进行操作。

【质量与限制】

该数据集以 BioProject 记录形式存在，其质量与限制取决于原始提交数据的完整性与准确性。源站描述仅说明 BioProject 是相关生物学数据的集合，并未对该数据集的具体质量指标（如测序深度、覆盖度、重复数或数据完整性）作出评价。因此，无法从现有信息判断其数据质量高低。限制方面，源站未提供样本元数据、实验设计细节或统计分析结果，使用者可能需要在获取原始序列读长后自行补充或推断相关实验条件。此外，该数据集被归类于肌肉骨骼系统疾病 / 其他，但研究本身针对的是肉鸡，这一分类可能仅反映其与骨骼轴的关联，而非直接的人类疾病研究。

【引用与许可】

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/Traces/study?acc=PRJNA1541423

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当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。

使用方式

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1541423

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

本研究探讨了在罗斯308肉鸡21、35和42日龄时，日粮中联合添加枯草芽孢杆菌DSM 29784和植物源混合物对盲肠和股骨细菌群落的影响。数据集包含使用Illumina MiSeq平台从对照组和补充处理组生成的细菌16S rRNA基因扩增子测序数据。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别