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创建/更新时间

2026-10-20

资源简介

PRJNA1526285：小鼠内侧半月板失稳及CD14基因敲除后滑膜组织单细胞RNA测序

PRJNA1526285 是 NCBI BioProject 数据库中的一个项目编号，对应数据集英文名为“Single-cell RNA sequencing of murine synovial tissue following destabilization of the medial meniscus and genetic deletion of CD14”。该数据集收录了小鼠内侧半月板失稳（DMM）模型及CD14基因敲除后滑膜组织的单细胞RNA测序数据，主题标签为Raw sequence reads。从分类上看，该数据集归属于肌肉骨骼系统疾病 / 其他类别，来源站为 ncbi.nlm.nih.gov。BioProject 作为生物数据的集合，通常围绕某一项单一研究计划组织，来源于单一机构或联盟，并为用户提供查找该项目所产生多种数据类型链接的统一入口。该数据集的核心内容聚焦于小鼠滑膜组织在特定实验条件下的单细胞转录组测序原始序列读段，可用于探索关节滑膜在半月板失稳及CD14基因缺失背景下的细胞异质性与基因表达特征。

【数据集背景】

该数据集所依托的研究背景涉及肌肉骨骼系统疾病领域，具体围绕小鼠内侧半月板失稳（DMM）模型以及CD14基因敲除展开。内侧半月板失稳是一种常用于模拟关节不稳定及相关退行性改变的实验模型，而CD14基因敲除则涉及特定免疫相关分子缺失的遗传修饰。该数据集将这两种条件与小鼠滑膜组织的单细胞RNA测序相结合，旨在从单细胞层面获取滑膜组织在相应处理后的转录组信息。源站标题为“ID 1526285 - BioProject - NCBI”，表明该数据集以BioProject形式组织，编号为1526285。整体而言，该数据集属于基础研究层面的测序项目，其背景信息主要围绕上述实验模型与遗传操作，源站未提供更详细的疾病机制、假设或研究目标描述。

【数据内容】

该数据集的主题标签为Raw sequence reads，说明其收录的数据类型为原始序列读段。具体而言，这些读段来自小鼠滑膜组织的单细胞RNA测序。数据集英文名中明确提及“Single-cell RNA sequencing of murine synovial tissue”，表明测序对象为小鼠滑膜组织，测序策略为单细胞RNA测序。同时，实验条件包括“destabilization of the medial meniscus”和“genetic deletion of CD14”，即内侧半月板失稳和CD14基因敲除。因此，数据内容应涵盖在上述条件下获取的滑膜组织单细胞转录组原始读段。源站未提供样本数量、测序深度、读长、细胞数、基因数等具体指标，也未提供数据文件的具体格式或大小。

【采集与来源】

该数据集的来源站为ncbi.nlm.nih.gov，属于NCBI BioProject数据库中的一条记录。BioProject记录本身是生物数据的集合，来源于单一机构或联盟，并提供指向该项目所产生多种数据类型的链接。该数据集的源站标题为“ID 1526285 - BioProject - NCBI”，表明其标识为BioProject ID 1526285。数据集英文名中包含了项目编号PRJNA1526285。关于样本采集的具体地点、时间、操作流程、测序平台、建库方法、试剂来源等信息，源站未提供。该数据集归类于肌肉骨骼系统疾病 / 其他，来源站为ncbi.nlm.nih.gov，主题标签为Raw sequence reads。

【适用场景】

该数据集适用于与小鼠滑膜组织、单细胞RNA测序、内侧半月板失稳模型以及CD14基因敲除相关的研究场景。潜在用途包括：在单细胞水平上分析滑膜组织的细胞组成和基因表达特征；比较不同遗传背景或实验处理下的滑膜细胞转录组差异；为肌肉骨骼系统疾病相关研究提供原始测序数据支持；作为生物信息学分析流程的输入数据，用于细胞聚类、细胞类型注释、差异表达分析等。由于主题标签为Raw sequence reads，该数据集更适合需要从原始读段开始处理的分析场景，而非直接提供已处理矩阵或注释结果。源站未提供具体的适用疾病、临床转化方向或分析建议。

【使用方法】

该数据集可通过NCBI BioProject数据库访问，项目编号为PRJNA1526285，源站标题为“ID 1526285 - BioProject - NCBI”。用户可在ncbi.nlm.nih.gov上查找该BioProject记录，并通过记录中提供的链接获取该项目产生的多种数据类型。由于主题标签为Raw sequence reads，获取的数据应为原始序列读段，后续分析通常需要经过质控、比对、定量和单细胞层面的下游分析。源站未提供具体的数据下载方式、文件命名规则、分析软件推荐或处理流程说明。用户应根据自身研究目的和常规单细胞RNA测序分析流程进行后续处理。

【质量与限制】

该数据集的质量信息、测序质量指标、污染评估、批次效应、细胞活性、文库复杂度等，源站未提供。其限制包括：仅依据现有信息，无法判断样本量是否充分、测序深度是否足够、数据是否经过严格质控；主题标签为Raw sequence reads，意味着数据未经充分处理，使用门槛较高；数据集分类为肌肉骨骼系统疾病 / 其他，未提供更细化的疾病亚型或表型信息；关于CD14基因敲除的具体遗传背景、DMM模型的构建细节、对照组设置等，源站未提供。因此，使用该数据集时需注意其原始数据属性，并结合自身分析需求评估适用性。

【引用与许可】

该数据集的引用方式、许可协议、使用限制、是否允许商业用途、是否需要联系数据提交者等信息，源站未提供。用户在使用该数据集时，应参考NCBI BioProject记录中可能附带的引用要求或数据使用政策。由于源站未提供具体许可条款，建议用户直接访问ncbi.nlm.nih.gov上对应的BioProject记录以获取最新和完整的引用与许可信息。

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/Traces/study?acc=PRJNA1526285

访问原始数据

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当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。

使用方式

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1526285

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

本研究采用单细胞RNA测序技术，旨在描绘创伤后骨关节炎发展过程中滑膜内发生的细胞及转录变化，并探究固有免疫共受体CD14在这些反应中的作用。研究从雄性野生型C57BL/6小鼠及全身性CD14敲除小鼠中采集滑膜组织，这些小鼠分别处于未处理状态、接受假手术或内侧半月板失稳（DMM）手术后。样本采集时间点设定在术后4周和8周，以捕捉疾病进展的早期及确立阶段。此数据集的生成旨在界定与疾病相关的滑膜细胞群体，并明确CD14基因缺失如何改变创伤后骨关节炎中的炎症反应。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别