端粒染色质片段化模式与先天性角化不良染色质状态改变

BioProject 是围绕单一研究计划收集的生物学数据集合,该计划源自单一机构或联盟。BioProject 记录为用户提供一个统一入口,用于查找该项目所产生的多种数据类型

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表格端粒染色质先天性角化不良染色质状态片段化模式肌肉骨骼系统疾病BioProject
PRJNA1372199: Fragmentation Patterns of Human Telomeric Chromatin and Altered Chromatin States in Dyskeratosis Congenita

基本信息

模态
表格
创建/更新时间
2026-10-20

资源简介

端粒染色质片段化模式与先天性角化不良染色质状态改变

PRJNA1372199 是一个收录于 NCBI BioProject 数据库的研究项目记录,其英文名称为“Fragmentation Patterns of Human Telomeric Chromatin and Altered Chromatin States in Dyskeratosis Congenita”。从名称可以看出,该项目关注人类端粒染色质的片段化模式,以及先天性角化不良症中染色质状态的改变。该记录在本地分类中归入肌肉骨骼系统疾病 / 其他类别,来源站为 ncbi.nlm.nih.gov。BioProject 作为生物数据集合的登记形式,旨在围绕单一研究计划汇集来自单一机构或联盟所产生的多种数据类型,并为用户提供统一入口,以便查找与该项目相关的各类数据。该数据集因此可被视为一个以端粒染色质与先天性角化不良症为主题的研究项目入口,而非单一类型的数据文件。

【数据集背景】

该数据集对应的是一项围绕人类端粒染色质片段化模式以及先天性角化不良症中染色质状态改变的研究计划。先天性角化不良症是一种与端粒维持相关的疾病,而端粒染色质的结构与片段化特征可能在该疾病的发生发展中具有研究价值。该 BioProject 记录由单一机构或联盟发起,属于一个独立的研究计划。源站未提供该研究计划的具体发起机构、联盟名称、资助信息或研究背景的进一步细节。

【数据内容】

该 BioProject 记录用于汇集与上述研究计划相关的多种数据类型。BioProject 的设计目的即在于为用户提供一个统一入口,用以查找该项目所产生的不同数据类型的链接。因此,该数据集的内容不限于单一实验或单一文件,而是围绕端粒染色质片段化模式及染色质状态改变这一研究主题所生成的数据集合。源站未提供该项目具体包含的数据类型、样本数量、测序平台、文件格式或数据规模等信息。

【采集与来源】

该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov,记录标识为 BioProject ID 1372199。BioProject 记录本身来源于单一组织或联盟,并围绕单一研究计划进行数据收集与组织。该记录提供用户查找相关数据类型的入口。源站未提供样本采集方式、实验设计、伦理审批、采集地点或时间范围等具体信息。

【适用场景】

该数据集适用于需要查找与人类端粒染色质片段化模式、先天性角化不良症中染色质状态改变相关研究数据的用户。由于 BioProject 提供统一入口,用户可通过该记录定位到由该项目产生的多种数据类型,进而用于进一步的数据分析、方法参考或研究复现。该记录的分类为肌肉骨骼系统疾病 / 其他,因此也可能服务于该分类下的相关研究检索。源站未提供该数据集的具体适用分析流程、推荐工具或典型研究案例。

【使用方法】

用户可通过 NCBI BioProject 数据库访问该记录,项目 ID 为 1372199。BioProject 记录的作用是提供统一入口,使用户能够找到与该项目相关的多种数据类型。用户可依据该入口进一步跳转至项目所关联的数据资源。源站未提供具体的数据下载方式、访问权限、API 接口或使用教程等信息。

【质量与限制】

该记录为 BioProject 登记信息,其质量与完整性取决于源站所提供的内容。当前可确认的信息包括项目英文名称、源站标题、分类、来源站以及 BioProject 的通用描述。源站未提供该数据集的具体质量控制指标、数据完整性评估、版本更新记录或已知偏差。由于缺乏具体数据内容与实验细节,无法对该数据集的技术质量进行进一步判断。

【引用与许可】

源站未提供该数据集的引用格式、许可协议、使用条款或版权信息。用户如需引用或使用该数据集,应直接访问 NCBI BioProject 记录页面,以获取源站发布的最新引用与许可要求。

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数据集获取

源站:https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1372199

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

该数据集包含来自儿童供者的血浆游离DNA(cfDNA)全基因组测序,包括先天性角化不良(DC)患者、无骨髓衰竭诊断的对照供者(健康儿童)、Shwachman-Diamond综合征(SDS)、范可尼贫血(FA)和Diamond-Blackfan贫血(DBA)患者。本研究旨在利用cfDNA片段组学无创地表征端粒染色质结构和全基因组染色质可及性。与健康和疾病对照相比,DC中端粒处的cfDNA核小体足迹减少,反映了作为DC病理生理学基础的端粒缩短。除端粒外,DC供者的亚端粒染色质可及性发生改变,并且源自cfDNA的启动子亚核小体富集(PSE)……(更多内容见dbGaP研究页面。)

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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