犬IgA缺陷全基因组分析数据：早期B细胞发育机制

数据集获取

源站：https://doi.org/10.5061/dryad.pm7mt

标准获取流程：

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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
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     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据集大小约 208.8 MB。

数据说明

免疫球蛋白A缺乏症（IgAD）是人类和犬类中最常见的原发性免疫缺陷病，其特征为反复发作的黏膜道感染以及易患过敏性和其他免疫介导性疾病。在多个犬种中，已观察到低IgA水平以高频率出现，且临床表现与人类IgAD相似。在本研究中，我们采用全基因组关联研究（GWAS）来识别与犬类低IgA水平相关的基因组区域，以此作为人类IgAD的比较模型。我们使用了一种新颖的百分位数组方法，以建立品种特异性截断值，并以接近连续的方式进行统计分析。在四个易出现低IgA水平的品种（德国牧羊犬、金毛寻回犬、拉布拉多寻回犬和沙皮犬）中进行的GWAS识别出35个与IgA水平提示性相关（p <0.0005）的基因组位点。在德国牧羊犬中，三个基因组区域（候选基因包括KIRREL3和SERPINA9）与IgA水平达到全基因组显著性关联（p <0.0002）。在沙皮犬中，CFA28上约20kb长的单倍型与IgA水平显著相关（p = 0.0005），该单倍型位于SLIT1基因的第一个内含子内。

KIRREL3和SLIT1在中枢神经系统及骨髓中高度表达，可能在B细胞发育过程中发挥重要作用。SERPINA9的表达局限于B细胞，并在B细胞增殖分化为产生抗体的浆细胞时达到峰值。暗示相关区域富集了涉及炎症和早期免疫细胞发育的基因本体基因集中的基因。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。