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创建/更新时间

2026-10-14

资源简介

PRJEB82749：与骨假体感染相关的Cutibacterium acnes菌株无法逃逸宿主免疫系统

PRJEB82749 数据集围绕痤疮丙酸杆菌（Cutibacterium acnes）与骨假体感染之间的关系展开。痤疮丙酸杆菌是一种共生皮肤细菌，已知参与骨假体感染（BPIs），并通常表现出低度临床症状。该数据集所对应的研究关注此类菌株能否逃逸宿主免疫系统，尤其是骨部位的免疫应答。研究采用一株实验室菌株和两株与骨假体感染相关的临床菌株，其中一株在患者体内意外引发了炎症临床症状。研究通过体外和体内实验，评估这些菌株触发人原代中性粒细胞（PMN）反应的能力，以及诱导中性粒细胞从血流募集的能力，并借助模拟感染骨部位的体外模型研究中性粒细胞介导的炎症。该数据集来源于 ebi.ac.uk，归类于肌肉骨骼系统疾病 / 其他。

【数据集背景】

痤疮丙酸杆菌是一种共生皮肤细菌，参与骨假体感染，并表现出低度临床症状。此前观点认为，痤疮丙酸杆菌可在骨部位逃逸免疫系统。该数据集对应的研究旨在检验这一观点，即与骨假体感染相关的痤疮丙酸杆菌菌株是否确实无法逃逸宿主免疫系统。研究聚焦于中性粒细胞这一免疫细胞类型，因为中性粒细胞是宿主抵御感染的重要效应细胞。通过比较实验室菌株与临床菌株，研究试图揭示不同菌株在触发免疫反应方面的差异，尤其是其中一株临床菌株在患者中意外引发了炎症临床症状，这为理解骨假体感染中的免疫识别提供了线索。

【数据内容】

该数据集涉及的研究内容包括：使用一株实验室菌株和两株与骨假体感染相关的临床菌株，其中一株临床菌株在患者中意外诱导了炎症临床症状。研究测量了这些菌株触发体外人类原代中性粒细胞（PMN）反应的能力，具体通过炎症介质测量（抗体阵列、ELISA、RT-qPCR、酶谱法）和激活状态评估（流式细胞术）进行。此外，研究还评估了这些菌株在小鼠气囊模型（air-pouch model）中诱导体内中性粒细胞从血流募集的能力。研究还利用一种模拟感染骨部位的原始体外模型，该模型结合了钛合金等材料，来研究中性粒细胞介导的炎症。关于数据集的具体文件类型、样本数量、测序数据量等细节，源站未提供。

【采集与来源】

该数据集来源于 ebi.ac.uk。研究涉及实验室菌株和两株与骨假体感染相关的临床菌株。实验方法包括体外人类原代中性粒细胞反应测量、小鼠气囊模型体内募集实验，以及模拟感染骨部位的体外模型。关于样本采集的具体地点、时间、伦理审批信息以及数据提交的具体项目背景，源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于研究痤疮丙酸杆菌与骨假体感染相关的免疫逃逸机制，特别是中性粒细胞介导的炎症反应。可用于比较不同菌株（实验室菌株与临床菌株）在触发免疫反应方面的差异，以及评估骨部位感染模型中免疫细胞的募集和激活。也可用于开发或验证模拟感染骨部位的体外模型，以及研究钛合金等植入材料与免疫系统的相互作用。此外，该数据集可能对骨假体感染的诊断、治疗或预防研究具有参考价值。关于具体的数据分析流程或应用案例，源站未提供。

【使用方法】

源站未提供具体的数据使用说明、文件格式、访问方式或分析工具。用户需参考 ebi.ac.uk 上该数据集的官方页面获取进一步信息。

【质量与限制】

该数据集基于特定实验室菌株和两株临床菌株，样本量有限，可能无法代表所有痤疮丙酸杆菌菌株的多样性。研究使用体外人类原代中性粒细胞和小鼠气囊模型，这些模型虽能模拟部分免疫反应，但与人体骨假体感染的实际复杂环境存在差异。此外，模拟感染骨部位的体外模型结合了钛合金等材料，但具体模型参数和验证情况源站未提供。关于数据质量评估、批次效应、重复性等信息，源站未提供。

【引用与许可】

源站未提供该数据集的引用格式、许可协议或使用限制。用户应直接访问 ebi.ac.uk 上的数据集页面获取相关引用和许可信息。

原始链接

https://ebi.ac.uk/ena/browser/view/PRJEB82749

访问原始数据

下载信息

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数据集获取

源站：https://ebi.ac.uk/ena/browser/view/PRJEB82749

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

引言：痤疮丙酸杆菌是一种共生皮肤细菌，与骨假体感染（BPIs）有关，并表现出低度临床症状。痤疮丙酸杆菌被认为能在骨部位逃避免疫系统。材料与方法：我们的研究基于一株实验室菌株和两株与BPI相关的临床菌株进行，其中一株令人意外地在患者中引发了炎症的临床症状。我们通过炎症介质的测量（抗体阵列、ELISA、RT-qPCR、酶谱分析）和激活状态评估（流式细胞术），研究了这些痤疮丙酸杆菌菌株在体外触发人原代中性粒细胞（PMN）反应的能力，以及在小鼠气囊模型中诱导体内中性粒细胞从血流中募集的能力。中性粒细胞介导的炎症还在一个模拟感染骨部位的原始体外模型中进行了研究，该模型结合了钛合金、人原代成骨细胞、人原代中性粒细胞和痤疮丙酸杆菌菌株。结果：我们首次证明，痤疮丙酸杆菌的浮游和生物膜培养物均能在体外触发中性粒细胞有效的免疫反应，并在体内引发其募集。

当使用来自有炎症体征患者的菌株时，这种宿主反应得到增强。在一个模拟原始感染假体的模型中，成骨细胞和中性粒细胞能够检测到痤疮丙酸杆菌，但它们对临床痤疮丙酸杆菌炎症菌株的反应减弱。结论：这项工作首次提供证据表明，免疫细胞对致病性痤疮丙酸杆菌的反应可能受到感染部位非免疫细胞（如成骨细胞）的调节，这可能促进细菌的持续存在。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别