PRJDB14904：整合空间与单细胞转录组学以阐明结直肠癌瘤内异质性
在多篇出版物中，单细胞 RNA 测序已被用于分析具有腺癌序列背景的结直肠癌患者中结肠癌细胞与基质细胞之间的细胞间通讯。然而，这些分析缺乏空间视角
基本信息
资源简介
PRJDB14904：整合空间与单细胞转录组学以阐明结直肠癌瘤内异质性
PRJDB14904 是一个围绕结直肠癌肿瘤内异质性展开的空间与单细胞转录组整合研究数据集。该数据集的全称为“Integration of spatial and single-cell transcriptomics for clarifying colorectal cancer intratumor heterogeneity”，在来源站点的分类中归属于肿瘤 / 其他类别，来源站为 ebi.ac.uk。其核心研究思路在于，将公开的单细胞转录组分析与空间转录组分析相结合，以阐明结直肠癌细胞在晚期侵袭区域中的细胞间通讯情况。该研究的目标是识别结肠癌细胞逃避免疫的机制，并据此寻找新的治疗靶点分子。数据集所涉及的个人数据已依据日本国立生物科学数据库中心（NBDC）的人类数据共享指南获得公开批准，对应的 NBDC 研究编号为 hum0356。
【数据集背景】
在多项已发表的研究中，单细胞 RNA 测序已被用于分析具有腺癌序列背景的结直肠癌患者体内结肠癌细胞与基质细胞之间的细胞间通讯。然而，这些既往分析缺乏空间视角，无法在组织空间结构中定位细胞间的相互作用。本研究正是在这一背景下，尝试将公开的单细胞转录组数据与空间转录组数据加以整合，从而在保留空间信息的前提下重新审视结直肠癌的细胞间通讯，特别是晚期侵袭区域中癌细胞与周围细胞之间的相互作用。研究关注的焦点在于结肠癌细胞如何逃避免疫系统的识别与攻击，并希望由此发现新的治疗靶点分子。
【数据内容】
该数据集属于空间转录组与单细胞转录组整合分析的研究项目。其内容涉及结直肠癌肿瘤内异质性的解析，具体包括对结肠癌细胞与基质细胞之间细胞间通讯的分析，以及针对晚期侵袭区域的空间视角探索。数据集所依托的分析策略是结合公开的单细胞数据和空间转录组数据，以弥补以往单细胞分析中空间信息缺失的不足。关于数据的具体样本数量、测序平台、基因表达矩阵、空间坐标信息等细节，源站未提供。
【采集与来源】
该数据集的来源站为 ebi.ac.uk。根据源站描述，研究所涉及的个人数据由日本国立生物科学数据库中心（NBDC）的数据访问委员会批准公开，批准依据为 NBDC 人类数据共享指南，对应的 NBDC 研究编号为 hum0356。数据集所整合的分析材料包括公开的单细胞转录组数据与空间转录组数据。关于样本采集的具体地点、时间、人群特征、伦理审批编号等详细信息，源站未提供。
【适用场景】
该数据集适用于结直肠癌肿瘤内异质性研究，尤其是需要从空间维度理解细胞间通讯的场景。具体而言，可用于探索结肠癌细胞与基质细胞在晚期侵袭区域中的相互作用，分析癌细胞逃避免疫的潜在机制，以及寻找新的治疗靶点分子。此外，对于希望将单细胞转录组与空间转录组数据进行整合分析的研究者，该数据集也可作为方法学参考。关于该数据集是否适用于其他癌种、其他组织类型或其他分析目的，源站未提供。
【使用方法】
该数据集可通过来源站 ebi.ac.uk 获取。关于数据的具体下载方式、文件格式、数据处理流程、分析工具要求以及是否需要申请数据访问权限等操作细节，源站未提供。
【质量与限制】
该数据集所涉及的个人数据已获得 NBDC 数据访问委员会的公开批准，符合 NBDC 人类数据共享指南的要求。其研究设计整合了单细胞与空间转录组两个层面，弥补了既往单细胞分析缺乏空间视角的不足。然而，关于数据的测序深度、覆盖度、批次效应、样本量大小、统计功效以及验证实验等质量指标，源站未提供。此外，该数据集是否包含临床随访信息、治疗反应数据或长期预后数据，源站未提供。
【引用与许可】
该数据集对应的 NBDC 研究编号为 hum0356，数据公开依据为 NBDC 人类数据共享指南。关于数据的具体许可协议类型、使用限制、是否需要签署数据使用协议、商业使用是否被允许以及推荐引用格式等详细信息，源站未提供。
下载信息
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需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://ebi.ac.uk/ena/browser/view/PRJDB14904
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
在多篇出版物中，单细胞RNA测序已被用于分析具有腺癌序列背景的结直肠癌患者中结肠癌细胞与基质细胞之间的细胞间通讯。然而，这些分析缺乏空间视角。在本研究中，我们结合了公开的单细胞和空间转录组分析，以阐明结直肠癌细胞晚期侵袭区中的细胞间通讯。该分析旨在识别结肠癌细胞逃避免疫的机制，从而寻找新的治疗靶分子。National Bioscience Database Center（NBDC）的数据访问委员会批准，根据《NBDC人类数据共享指南》（https://humandbs.biosciencedbc.jp/en/guidelines/data-sharing-guidelines），将此个人数据公开发布，NBDC研究ID为 hum0356，申请ID为 J-DS000637-001。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
需要用于商业化训练或医疗器械注册（NMPA/FDA）？
公开数据往往缺乏完整的病理回证与专家标注。千方医数集依托三甲直采网络，提供合规、去标识化、支持注册级质控的专病数据集交易服务。
