GSE345510：发育中的集体行为（博士论文）[normal-vs-delay_expression]

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数据说明

集体行为在发育过程中至关重要。在细胞群体中，细胞必须协调一致，在正确的地点和时间获得正确的身份。在胚胎中，细胞群体必须协调以进行稳健的模式形成和形态发生。这些协调行为背后的机制仍知之甚少，部分原因是回答这些问题需要跨越生物学尺度的广泛桥接——从分子到整个胚胎。在本论文中，我通过两个项目来探讨这些问题，两者均以鸡胚作为模型系统。第3-5章（“集体细胞侵袭项目”；博士第1-3年）通过考察形态发生素信号传导、细胞命运特化以及上皮-间质转化（EMT）在两个集体细胞侵袭情境中如何被协调，来研究第一个问题：“细胞如何协调一致，在正确的地点和时间获得正确的身份？”首先，是在原肠胚形成过程中，新生中胚层通过称为原条的形态发生结构的内陷及随后的迁移。

第二，神经胚形成过程中神经嵴细胞从背侧神经管的分层及随后的迁移。通过比较不同发育背景并综合运用经典与现代技术（实验胚胎学、功能获得与功能缺失实验、转录组学），我表明上皮-间质转化（EMT）与骨形态发生蛋白（BMP）信号传导相互耦联，共同驱动集体细胞侵袭。这种耦联提供了一种将细胞命运特化与侵袭进程同步的分子机制，从而将EMT重新定位为不仅是一个引导细胞行为变化的过程，更是一个主动的调控过程——它调节形态发生素信号的活性，以在集体细胞侵袭过程中协调组织层面的行为。第6-7章（“发育检查点项目”；博士四年级起）探讨第二个问题：“胚胎细胞群体如何

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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