青少年皮肌炎肌肉活检GeoMx数据集

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青少年皮肌炎肌肉活检GeoMx数据集

GeoMx dataset of juvenile dermatomyositis muscle biopsies 是一个面向肌肉骨骼系统疾病研究的空间转录组数据集，归入“肌肉骨骼系统疾病 / 其他”类别，来源站为 doi.org，托管于 Zenodo。该数据集利用 NanoString GeoMx 数字空间分析仪（DSP）对骨骼肌活检样本进行空间转录组检测，样本来自三名未接受治疗的青少年皮肌炎（JDM）患者与三名健康对照。数据集包含 ProbeQC 层级的计数数据、样本与感兴趣区域（ROI）元数据以及探针信息，相关分析已发表于探讨未治疗青少年皮肌炎肌肉活检空间转录组特征的研究论文，该论文揭示了疾病相关干扰素驱动信号背景下仍存在线粒体异常。数据集作者为 Syntakas, Aris E 与 Wilkinson, Meredyth Grace Llewellyn，发布时间为 2026 年，采用 Creative Commons Attribution 4.0 International 许可，访问需向通讯作者申请。

【数据集背景】

青少年皮肌炎是一种累及肌肉的炎性疾病，其肌肉病理机制尤其是空间层面的转录特征受到关注。该数据集正是围绕这一背景产生，旨在通过空间转录组技术刻画未接受治疗的青少年皮肌炎患者肌肉活检中的分子改变。源站描述指出，相关分析揭示了在疾病相关干扰素驱动信号存在的情况下，仍可观察到线粒体异常，这为理解该疾病的肌肉受累机制提供了空间转录组层面的数据基础。数据集所属类别为肌肉骨骼系统疾病 / 其他，主题标签包括青少年皮肌炎、肌肉活检、GeoMx DSP、空间转录组、线粒体异常、干扰素驱动以及 ProbeQC 计数。

【数据内容】

该数据集由 NanoString GeoMx 数字空间分析仪（DSP）生成，来源于三名未接受治疗的青少年皮肌炎患者和三名健康对照的骨骼肌活检样本。电子表格中包含三类内容：ProbeQC 层级的计数数据、样本与感兴趣区域（ROI）元数据，以及探针信息。ProbeQC 层级计数数据可用于后续基因表达层面的分析；样本与 ROI 元数据有助于识别每个数据点对应的样本来源和空间区域；探针信息则提供了检测所用探针的相关说明。上述内容共同支持对肌肉活检组织进行空间分辨的转录组研究。

【采集与来源】

样本采集自三名未接受治疗的青少年皮肌炎患者和三名健康对照的骨骼肌活检。检测平台为 NanoString GeoMx 数字空间分析仪（DSP）。数据集来源站为 doi.org，托管机构为 Zenodo，发布时间为 2026 年。作者为 Syntakas, Aris E 与 Wilkinson, Meredyth Grace Llewellyn。源站描述提及，这些数据用于支撑相关论文中的分析，论文题为“Spatial transcriptomic analysis of muscle biopsy from patients with treatment-naive juvenile dermatomyositis reveals mitochondrial abnormalities despite disease-related interferon-driven signature”，DOI 为 10.1016/j.ard.2025.07.015。数据集的访问方式为向通讯作者申请。

【适用场景】

该数据集适用于空间转录组相关的分析场景，尤其是针对青少年皮肌炎肌肉活检的研究。由于包含 ProbeQC 层级计数数据、样本与 ROI 元数据以及探针信息，可用于探索肌肉组织中不同空间区域的基因表达差异，并围绕干扰素驱动信号与线粒体异常等主题开展分析。同时，三名未治疗患者与三名健康对照的样本设置，使其可用于组间比较性质的空间转录组研究。该数据集也可作为方法学参考，用于了解 GeoMx DSP 在骨骼肌活检中的应用形式。具体分析方向需结合源站描述与相关论文，源站未提供更详细的适用场景说明。

【使用方法】

数据集以电子表格形式提供，包含 ProbeQC 层级计数数据、样本与 ROI 元数据以及探针信息。使用者需先向通讯作者申请访问权限，获得数据后可根据元数据将计数数据对应到具体样本和感兴趣区域，并结合探针信息进行解读。源站未提供具体的软件流程、标准化步骤或分析代码，相关分析方法可参考关联论文。使用时应遵守 Creative Commons Attribution 4.0 International 许可的要求。

【质量与限制】

该数据集基于 NanoString GeoMx DSP 平台生成，包含 ProbeQC 层级计数数据，并配有样本与 ROI 元数据及探针信息，便于追溯数据来源与空间区域。样本量方面，源站描述明确为三名未接受治疗的青少年皮肌炎患者和三名健康对照，属于小样本研究。访问方式为向通讯作者申请，并非公开直接下载。源站未提供关于数据质量评估、批次效应、缺失值处理或技术重复的进一步说明。此外，源站未提供除肌肉活检外的其他组织或人群信息，使用时应结合研究目的谨慎解读。

【引用与许可】

该数据集采用 Creative Commons Attribution 4.0 International 许可，使用时需按要求进行署名。关联论文为“Spatial transcriptomic analysis of muscle biopsy from patients with treatment-naive juvenile dermatomyositis reveals mitochondrial abnormalities despite disease-related interferon-driven signature”，DOI 为 10.1016/j.ard.2025.07.015。数据集作者为 Syntakas, Aris E 与 Wilkinson, Meredyth Grace Llewellyn，托管于 Zenodo，发布时间为 2026 年。访问需向通讯作者申请。源站未提供其他引用格式或附加许可条款。