人骨髓间充质干细胞经BMP2或TGFbeta-3处理后的转录谱芯片数据

该数据集来自 EBI Expression Atlas 的差异表达实验,物种为 Homo sapiens,采用芯片技术对人骨髓间充质干细胞在 BMP2 或 TGFbeta-3 处理后的转录谱进行检测

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时间序列分类Differential
E-GEOD-10315: Transcription profiling by array of human bone marrow mesenchymal stem cells after treatment with BMP2 or TGFbeta-3

基本信息

模态
时间序列
任务类型
分类
创建/更新时间
2026-10-24

资源简介

人骨髓间充质干细胞经BMP2或TGFbeta-3处理后的转录谱芯片数据

E-GEOD-10315 是一项转录组芯片实验数据集,来源于 EBI Expression Atlas,属于差异表达类实验。该数据集以 Homo sapiens(人类)为研究对象,围绕人骨髓间充质干细胞在 BMP2 或 TGFbeta-3 处理后的转录谱展开检测,采用芯片技术获取表达数据。从分类上看,该数据集归入肌肉骨骼系统疾病相关方向,可用于了解骨髓间充质干细胞在特定因子刺激下的基因表达变化。整体而言,该数据集提供了一个以人类骨髓间充质干细胞为材料、比较两种处理条件转录响应的实验记录,适合作为相关基础研究与表达分析的数据参考。

【数据集背景】

骨髓间充质干细胞是存在于骨髓中的多能基质细胞,具有向成骨、成软骨、成脂等多种谱系分化的潜能,在骨骼发育、骨组织修复以及肌肉骨骼系统疾病研究中受到广泛关注。BMP2(骨形态发生蛋白2)与 TGFbeta-3(转化生长因子β3)是两类在干细胞命运调控中常被研究的信号因子。该数据集正是针对人骨髓间充质干细胞在 BMP2 或 TGFbeta-3 处理后的转录谱进行芯片检测,属于差异表达实验,主题标签为 Differential,其目的在于通过比较处理前后的基因表达情况,刻画细胞对上述处理的转录响应。

【数据内容】

该数据集的内容为转录组表达谱数据,检测对象是人骨髓间充质干细胞,实验条件涉及 BMP2 处理与 TGFbeta-3 处理。数据以芯片(array)为技术平台,属于差异表达(Differential)类型的实验记录。数据集英文名称为“E-GEOD-10315: Transcription profiling by array of human bone marrow mesenchymal stem cells after treatment with BMP2 or TGFbeta-3”,名称本身概括了实验材料、处理方式与检测技术。除上述信息外,样本数量、分组细节、芯片平台型号、探针或基因层面的具体表达数值等,源站未提供。

【采集与来源】

该数据集来源于 ebi.ac.uk,即 EBI Expression Atlas 中的一项实验记录,源站将其描述为 Expression Atlas experiment (Differential),物种为 Homo sapiens,内容为 human bone marrow mesenchymal stem cells 经 BMP2 或 TGFbeta-3 处理后的转录谱芯片检测。在本站分类中,该数据集归入肌肉骨骼系统疾病 / 其他类别。关于样本采集的具体流程、伦理审批信息、实验操作步骤与数据处理流程等,源站未提供。

【适用场景】

基于其差异表达实验的性质,该数据集可用于考察人骨髓间充质干细胞在 BMP2 或 TGFbeta-3 处理条件下转录水平的变化,适合作为骨髓间充质干细胞信号响应与分化相关研究的表达数据参考,也可用于与肌肉骨骼系统疾病相关的基因表达比较分析。由于数据以芯片技术产生,适用于芯片表达谱的差异分析与验证性研究。关于该数据集在其他具体研究方向上的适用性,源站未提供。

【使用方法】

该数据集可通过 EBI Expression Atlas 获取,使用时应将其视为差异表达实验的转录谱数据,围绕 BMP2 与 TGFbeta-3 处理条件进行表达比较分析。具体的数据下载方式、文件格式、分析流程与参数设置等,源站未提供。

【质量与限制】

该数据集为 EBI Expression Atlas 收录的差异表达实验,物种与实验条件在源站描述中有明确说明。关于数据质量评估指标、样本重复数、批次效应、归一化方法以及数据完整性等信息,源站未提供。使用时应结合源站记录自行核实数据适用范围,避免超出其原始实验设计进行推断。

【引用与许可】

关于该数据集的引用方式与许可条款,源站未提供。

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使用方式

数据集获取

源站:https://ebi.ac.uk/gxa/experiments/E-GEOD-10315

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

Expression Atlas experiment (Differential). Species: Homo sapiens. Transcription profiling by array of human bone marrow mesenchymal stem cells after treatment with BMP2 or TGFbeta-3

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