人成骨细胞经骨形态发生蛋白2或地塞米松处理后的转录谱芯片数据集

该数据集来自 EBI Expression Atlas 的差异表达实验,物种为 Homo sapiens,采用芯片技术对人成骨细胞在骨形态发生蛋白2或地塞米松处理后的转录谱进行检测

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时间序列分类Differential
E-GEOD-10311: Transcription profiling by array of human osteoblasts after treatment with bone morphogenetic protein 2 or dexamethasone

基本信息

模态
时间序列
任务类型
分类
创建/更新时间
2026-10-24

资源简介

人成骨细胞经骨形态发生蛋白2或地塞米松处理后的转录谱芯片数据集

E-GEOD-10311 是一项收录于 EBI Expression Atlas 的差异表达实验数据集,全称为“Transcription profiling by array of human osteoblasts after treatment with bone morphogenetic protein 2 or dexamethasone”,即采用芯片技术对人成骨细胞在骨形态发生蛋白2(BMP2)或地塞米松处理后进行转录谱检测的研究。该数据集物种为 Homo sapiens,在本站归类于肌肉骨骼系统疾病 / 其他类别,主题标签为 Differential,核心价值在于提供两种不同处理条件下成骨细胞基因表达差异的芯片检测结果,可供研究者考察成骨细胞在促骨形成信号与糖皮质激素刺激下的转录响应。以下依据可获得的信息对该数据集作分段介绍。

【数据集背景】

该数据集来源于 EBI Expression Atlas,属于其中的差异表达实验(Differential)类型。Expression Atlas 是面向基因表达实验的公共资源,汇集了来自多种物种与实验条件的表达谱研究,并以差异表达等形式呈现结果。E-GEOD-10311 关注的生物学对象是人成骨细胞,处理因素为骨形态发生蛋白2或地塞米松。骨形态发生蛋白2与地塞米松是成骨细胞研究中常见的两类处理条件,前者与成骨分化相关,后者属于糖皮质激素类化合物,两者对成骨细胞转录谱的影响是该实验设计的核心比较内容。数据集英文名称直接反映了“人成骨细胞经 BMP2 或地塞米松处理后以芯片进行转录谱检测”这一实验框架。

【数据内容】

该数据集的内容为转录谱(transcription profiling)数据,检测平台为芯片(array),物种为 Homo sapiens,实验类型为差异表达实验。数据所覆盖的生物学材料为人成骨细胞,实验条件包括骨形态发生蛋白2处理和地塞米松处理。数据集的主题标签为 Differential,表明其组织与呈现方式以处理组之间的差异表达为核心。关于具体的样本数量、芯片平台型号、探针或基因数量、差异表达基因数目及统计阈值等细节,源站未提供。

【采集与来源】

该数据集来自 ebi.ac.uk,即 EBI Expression Atlas 实验记录,源站描述明确其为 Expression Atlas experiment (Differential),物种为 Homo sapiens,内容为人成骨细胞经骨形态发生蛋白2或地塞米松处理后的芯片转录谱检测。数据集的英文名称、分类归属(肌肉骨骼系统疾病 / 其他)与主题标签(Differential)均与源站记录一致。关于样本采集的具体流程、细胞来源与培养条件、处理剂量与时长、实验批次安排等实验实施细节,源站未提供。

【适用场景】

基于其差异表达实验的属性,该数据集适用于考察人成骨细胞在骨形态发生蛋白2或地塞米松处理下转录谱变化的分析场景,例如比较不同处理条件引起的基因表达差异、检索在特定处理下表达发生改变的基因,以及作为成骨细胞相关转录响应研究的公共数据参考。由于本站将其归入肌肉骨骼系统疾病 / 其他类别,该数据也可在骨骼与肌肉系统相关研究的背景下被检索和引用。关于该数据集在其他具体研究中的适用性验证,源站未提供。

【使用方法】

该数据集以 EBI Expression Atlas 实验记录的形式提供,使用者可按照 Expression Atlas 差异表达实验的常规方式访问与检索其表达结果。关于数据下载格式、文件组织方式、分析流程与参数设置等具体使用说明,源站未提供。

【质量与限制】

该数据集为 Expression Atlas 收录的差异表达实验,物种与实验条件在源站描述中有明确说明。关于数据质量评估指标、重复数量、缺失值情况、批次效应处理以及结果验证等信息,源站未提供。使用时应结合源站记录确认实验设计与分析细节。

【引用与许可】

该数据集来源于 ebi.ac.uk 的 EBI Expression Atlas,使用或引用时应遵循源站的引用规范与许可要求。关于具体的引用文献、作者信息与许可条款,源站未提供。

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使用方式

数据集获取

源站:https://ebi.ac.uk/gxa/experiments/E-GEOD-10311

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

Expression Atlas experiment (Differential). Species: Homo sapiens. Transcription profiling by array of human osteoblasts after treatment with bone morphogenetic protein 2 or dexamethasone

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