环孢素A通过调节人B细胞LSP1蛋白水平在低氧条件下减弱B细胞迁移

数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/pride/PXD036167

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数据说明

B细胞在次级淋巴组织内及组织间的协调迁移，是机体产生针对感染或疫苗接种的强效抗体应答所必需的。次级淋巴组织通常使B细胞暴露于低氧（O2）环境中。近期，我们已证实人B细胞迁移受一个O2依赖性分子开关调控，该开关由缺氧诱导因子-1a（HIF1A）中心调控，并可被免疫抑制性钙调磷酸酶抑制剂环孢素A（CyA）破坏。然而，低O2环境减弱B细胞迁移的机制仍不明确。蛋白质组学分析已将CXCR4趋化因子受体信号与细胞骨架重排联系起来。我们现在假设，将O2感知分子开关与趋化因子受体信号及细胞骨架重排联系起来的通路很可能包含磷酸化事件，而这类事件在传统的转录组学和/或蛋白质组学分析中通常被遗漏。因此，我们在CXCL12与趋化因子受体CXCR4结合后，对经CyA处理的人B细胞进行了全面的磷酸化蛋白质组学分析。

对CyA和CXCL12单独效应及协同效应的统计分析显示，有116种蛋白质的丰度受CyA与CXCL12协同相互作用的驱动。在这116种蛋白质中，淋巴细胞特异性蛋白1（LSP1）最为引人关注，因为它最初被鉴定为一种调节中性粒细胞迁移的蛋白质。我们使用先前描述的算法BONITA揭示了LSP1在细胞骨架重排中的关键作用。为验证这些建模结果，我们通过实验表明，B细胞中LSP1水平在低O2暴露下升高，而CyA处理导致LSP1蛋白水平降低。这与CyA处理后观察到的趋化活性增加相关。最后，我们将LSP1水平与趋化能力直接联系起来，因为shRNA敲低LSP1导致B细胞趋化能力显著增加。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。