胶原蛋白α-2(VI)链异构体2C2A降解组基础图谱

数据集获取

源站：https://doi.org/10.5522/04/34021818

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数据说明

本Figshare存储库托管胶原蛋白α-2(VI)链异构体2C2A降解组基础图谱（版本1）。这是对人类胶原蛋白α-2(VI)（COL6A2）异构体2C2A经蛋白水解切割可能产生的理论肽段的全面计算机模拟重建。该图谱为蛋白质组学、降解组学、质谱分析、细胞外基质生物学、结缔组织研究、肌肉生物学及生物标志物发现领域的研究人员提供了一个开放获取的计算参考。它系统性地绘制了该异构体在周转和酶促加工过程中可能产生的肽段片段。这提供了一种以异构体为分辨率、以降解组为中心的视角，展示了细胞外基质重塑和组织特异性蛋白水解过程中可能产生的肽段。生物学背景：胶原蛋白α-2(VI)由COL6A2编码，是VI型胶原蛋白三条主要α链之一。VI型胶原蛋白是一种独特的细胞外基质胶原蛋白，可组装成串珠状微纤维，并介导细胞与周围基质之间的相互作用。COL6A2经历可变剪接，产生C端区域不同的异构体。

异构体2C2A是这些剪接变体之一。它与经典异构体（2C2）共享大部分序列，但具有独特的C端片段。由于蛋白质水解可从蛋白质的任何部分产生肽段，替代性C端序列可产生经典降解组中不存在的片段。因此，异构体特异性图谱有助于区分COL6A2变体间共享的肽段与可能为异构体2C2A所独有的肽段。COL6A2在多种结缔组织中表达。它与骨骼肌及其他细胞外基质有助于维持组织结构和细胞功能的组织尤为相关。VI型胶原持续的合成、组装、重塑和蛋白水解周转可释放携带信息的片段和肽段。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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