Collagen alpha-1(XII) chain 降解组基础图谱

数据集获取

源站：https://doi.org/10.5522/04/33972067

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数据说明

本Figshare存储库托管了胶原蛋白α-1(XII)链降解组基础图谱（第1版），这是一个通过人类胶原蛋白α-1(XII)链（COL12A1）的蛋白水解切割生成的理论肽段景观的全面计算机模拟重建。该数据集作为蛋白质组学、降解组学、质谱分析、细胞外基质生物学、结缔组织研究、肌肉骨骼生物学和生物标志物发现领域研究人员的开放获取参考资源，系统地绘制了XII型胶原蛋白的潜在片段景观。该图谱并非将COL12A1视为单一静态结构蛋白，而是采用以降解组为中心的视角，其中细胞外基质周转、组织重塑和酶切生成动态的胶原蛋白衍生肽段群体。XII型胶原蛋白是一种FACIT（具有中断三螺旋的纤维相关胶原蛋白），与纤维状胶原蛋白结合，并有助于细胞外基质的组织和机械性能。

它尤其与结缔组织相关，包括肌腱、韧带、皮肤、骨骼肌及其他承受机械应力的组织，在这些组织中参与胶原原纤维与周围基质成分之间的相互作用。COL12A1还与细胞外基质组织、组织发育和肌肉骨骼功能有关，其致病性变异与先天性结缔组织及肌病表型相关。因此，表征COL12A1的蛋白水解片段图谱可能为胶原原纤维组织、基质重塑、肌腱与肌肉生物学、结缔组织病理学、组织损伤以及基于肽的生物标志物开发提供有价值的见解。蛋白质组学数据集的关键特征利用预测的酶切和化学切割位点，该图谱系统性地生成并注释可能的COL12A1肽片段。每个片段的特征

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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