胶原蛋白α-1(I)链降解组基础图谱

数据集获取

源站：https://doi.org/10.5522/04/33875221.v1

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数据说明

该Figshare存储库收录了胶原蛋白α-1(I)链降解组基础图谱（第1版），这是一个通过人类胶原蛋白α-1(I)链（COL1A1，UniProt：P02451）的蛋白水解切割生成的理论肽段景观的综合计算机模拟重建。该数据集作为蛋白质组学、降解组学、质谱分析和生物标志物发现领域研究人员的开放获取参考资源而设计，系统性地绘制了I型胶原蛋白的潜在片段景观。该图谱并非将COL1A1视为单一静态结构蛋白，而是采用以降解组为中心的视角，其中细胞外基质周转、机械降解和酶切生成动态的肽段群体。I型胶原蛋白是人类细胞外基质的主要抗张结构成分，广泛分布于骨骼、皮肤、肌腱、血管、巩膜、角膜、硬脑膜以及颅/脊膜中。

表征其蛋白水解片段图谱，为基质重塑、纤维化病理、结缔组织疾病、骨转换以及跨组织、血浆、脑脊液（CSF）和眼液体的生物流体肽生物标志物开发提供了宝贵的见解。蛋白质组学数据集的关键特征利用预测的酶切和化学切割位点，该图谱系统地生成并注释可能的COL1A1肽片段。每个片段均使用与质谱、蛋白质组学和计算肽分析相关的理化特征进行表征。质谱与肽指标：分子量质荷比（m/z）净电荷等电点（pI）生化与生物物理特征：疏水性Boman指数不稳定性指数脂肪族指数这些注释共同提供了一个特征丰富的计算参考，用于探索COL1A1衍生肽的可检测性、理化行为及潜在分析相关性。在生物标志物中的应用

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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