3D球体基因表达分析揭示ASS1在间皮瘤中的生存作用
该数据集来自 plos.figshare.com，配套论文发表于 PLOS ONE（2016 年），研究恶性胸膜间皮瘤细胞系在 3D 球体与 2D 单层培养下的基因表达差异，涉及 M28、REN 和 VAMT 三株细胞系，共 209 个差异表达基因（138 个上调、71 个下调），并与 56 例胸膜
基本信息
资源简介
3D球体基因表达分析揭示ASS1在间皮瘤中的生存作用
Analysis of Gene Expression in 3D Spheroids Highlights a Survival Role for ASS1 in Mesothelioma
该数据集来自 plos.figshare.com，配套论文发表于 PLOS ONE（2016 年），研究恶性胸膜间皮瘤细胞系在 3D 球体与 2D 单层培养下的基因表达差异，涉及 M28、REN 和 VAMT 三株细胞系，共 209 个差异表达基因（138 个上调、71 个下调），并与 56 例胸膜间皮瘤公共数据集比较，发现 ASS1 等三个基因在 3D 球体和人类肿瘤中均升高。数据含 7 个文件（S1–S2 File.ZIP、S1–S5 Table.PDF），可用于间皮瘤化疗耐药机制与 ASS1 生存作用研究（来源 figshare，CC BY 4.0 许可）。
【数据集背景】
配套论文《Analysis of Gene Expression in 3D Spheroids Highlights a Survival Role for ASS1 in Mesothelioma》发表于 PLOS ONE（2016），DOI：10.1371/journal.pone.0150044。源站首次发布：2016-03-16。
【数据内容】
源站描述（机器翻译，仅供参考）：为了研究恶性胸膜间皮瘤化疗耐药的潜在原因，我们将间皮瘤细胞系作为 3D 球体进行研究，与 2D 单层相比，3D 球体获得了增强的化疗耐药性。我们探究 3D 球体的基因表达是否会揭示耐药机制。为此，我们测量了三种间皮瘤细胞系 M28、REN 和 VAMT 在 2D 单层和 3D 球体生长条件下的基因表达。三种细胞系在 3D 条件下共有 209 个基因差异表达（138 个上调，71 个下调），尽管明显的耐药通路并不明显。然后，我们将 3D 基因列表与两个公开可用的数据集进行比较，这两个数据集包含 56 例胸膜间皮瘤与正常组织的基因表达。有趣的是，只有三个基因在 3D 球体和人类肿瘤中均升高：精氨基琥珀酸合成酶 1（ASS
【数据结构与技术规格】
文件数 7 个，合计 68.52 MB。数据集 DOI：10.1371/journal.pone.0150044。
【主题与分类】
源站学科分类：Biochemistry、Cell Biology、Genetics、Molecular Biology、Biological Sciences not elsewhere classified、Developmental Biology。主题标签：3 D Spheroids Highlights、3 D genes、mesothelioma multicellular resistance、ASS 1、argininosuccinate synthase 1、mesothelioma cell lines、ASS 1 expression、gene expression、mesothelioma 3 D spheroids、ANXA。本站分类：肌肉骨骼系统疾病。
【适用方向】
源站学科分类标注为 Biochemistry、Cell Biology、Genetics、Molecular Biology、Biological Sciences not elsewhere classified、Developmental Biology。
【获取与许可】
源站页面：https://plos.figshare.com/articles/dataset/Analysis_of_Gene_Expression_in_3D_Spheroids_Highlights_a_Survival_Role_for_ASS1_in_Mesothelioma/3959376
使用许可：CC BY 4.0（https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/）。
规范引用：Barbone, Dario; Van Dam, Loes; Follo, Carlo; V. Jithesh, Puthen; Zhang, Shu-Dong; G. Richards, William; et al. (2016). Analysis of Gene Expression in 3D Spheroids Highlights a Survival Role for ASS1 in Mesothelioma. PLOS ONE. Dataset
【使用注意】
· 源站最后修改于 2023-05-31，引用时请注意版本时效。
下载信息
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使用方式
数据集获取（Figshare）
- 源站标题：Analysis of Gene Expression in 3D Spheroids Highlights a Survival Role for ASS1 in Mesothelioma
- DOI：10.1371/journal.pone.0150044
- 发布日期：2016-03-16
- 文件数：7 个
- 文件总体积：68.52 MB
- 源站页面：https://plos.figshare.com/articles/dataset/Analysis_of_Gene_Expression_in_3D_Spheroids_Highlights_a_Survival_Role_for_ASS1_in_Mesothelioma/3959376
命令行下载
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curl -L -o "S2 Table.PDF" "https://ndownloader.figshare.com/files/6190923"
curl -L -o "S3 Table.PDF" "https://ndownloader.figshare.com/files/6190941"
curl -L -o "S4 Table.PDF" "https://ndownloader.figshare.com/files/6190959"
curl -L -o "S5 Table.PDF" "https://ndownloader.figshare.com/files/6191004"
文件清单
S1 File.ZIP（180.30 KB）S2 File.ZIP（67.65 MB）S1 Table.PDF（89.36 KB）S2 Table.PDF（69.15 KB）S3 Table.PDF（424.40 KB）S4 Table.PDF（81.89 KB）S5 Table.PDF（27.56 KB）
文件总体积 68.52 MB（源站 API 实测）。
数据说明
为探究恶性胸膜间皮瘤化疗耐药的潜在原因，我们将间皮瘤细胞系作为3D球状体进行了研究，与2D单层培养相比，3D球状体获得了增强的化疗耐药性。我们想知道3D球状体的基因表达是否能揭示耐药机制。为此，我们检测了三种间皮瘤细胞系M28、REN和VAMT在2D单层和3D球状体生长条件下的基因表达。三种细胞系在3D条件下共有209个基因出现差异表达（138个上调，71个下调），尽管并未显现出明确的耐药通路。随后，我们将3D相关基因列表与两个公开数据集进行了比较，这两个数据集包含56例胸膜间皮瘤与正常组织的基因表达数据。有趣的是，仅在3D球状体和人类肿瘤中同时升高的基因有三个：精氨基琥珀酸合成酶1（ASS1）、膜联蛋白A4（ANXA4）和主要穹窿蛋白（MVP）；其中，经qRT-PCR验证，ASS1是这三个基因中唯一持续上调的基因。
为检测ASS1蛋白表达，我们对两组组织微阵列（TMA）进行了染色：一组包含88例胸膜间皮瘤样本，另一组包含另外88例胸膜间皮瘤及其配对的正常组织。在两个TMA所代表的176例肿瘤中，ASS1在87例中表达（50%；染色强度大于1至3+）。对于配对样本，间皮瘤中ASS1的表达显著高于正常组织。通过siRNA降低ASS1表达可显著增强间皮瘤球体对硼替佐米及顺铂联合培美曲塞促凋亡作用的敏感性。尽管许多人认为间皮瘤是ASS1缺陷型肿瘤，但我们的结果表明，在间皮瘤3D球体及人胸膜间皮瘤中，ASS1在mRNA和蛋白水平均升高。我们还发现了ASS1的生存作用，或可通过靶向该作用来削弱间皮瘤的多细胞耐药性。
许可
CC BY 4.0
引用
学术使用请引用 DOI 10.1371/journal.pone.0150044（source: https://plos.figshare.com/articles/dataset/Analysis_of_Gene_Expression_in_3D_Spheroids_Highlights_a_Survival_Role_for_ASS1_in_Mesothelioma/3959376）。
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